丙戌年（1646年）九月，鲁王任命张煌言为右佥都御使。然而，不好的消息也随着海上船只往来舟山而携来。鲁王朱以海这时候得知隆武帝已然遇害，而郑家仍然袖手旁观。于是，在舟山坐以待毙简直与田横无异，不如拿着身家赌一把，所不定还会有改观。鲁王与众臣决定坐船去厦门，这实在是没有办法时候的办法，哪知道这个决定在之后却面临着极大的危险。
　　丙戌年（1646年）十一月，鲁王诸人到达厦门，虽然经历了海上波折，但毕竟还是到达了自己的目的地。
　　然而，此时的郑家诸人因为立场不同已然分裂为三派。郑芝龙觉得明室江山大势已去，而清军已几乎统一全国，勤王毫无利益可言，打算让郑彩把鲁王君臣给捉住送给清军。（有了鲁王诸人做见面礼，一定能赚个盆满钵满。）而郑芝龙的儿子郑成功则不愿意降清，直接率舰队在海上起义，坚持用明室旗帜表示，以厦门为大本营。但是这位郑成功虽不降清也不愿意接纳奉迎鲁王，依然采用隆武年号。而去迎接鲁王众人的郑彩，也不听郑芝龙的号令（郑彩手中也握有部分水师），反倒觉得这是个利用鲁王政权这个流亡政府的好机会。

　　既然大家各干各的，郑彩就带上鲁王众人去了长垣，依然采用鲁王监国纪年。
　　丙戌年（1646年）九月，就在鲁王诸人观望时局的时候，隆武帝手下的阁老何吾駒坐船逃到了广东，告诉总督丁魁楚：福建的隆武朝廷已经在八月玩完了。并且隆武帝也已经遇难。丁魁楚接到隆武帝凶信以后，立即想到了在广西的桂王朱由榔，打算和其他大臣共同拥戴朱由榔为帝。
　　朱由榔虽然年轻，但是这个桂王当得也非常不容易。
　　早在明朝神宗末年，朝廷同日册封瑞王、惠王、桂王三藩。桂王封地本来在湖广，驻地在衡州府。而那时候册封的老桂王朱常瀛也是个老实人，静静的呆在自己的一亩三分地，娶了正妃王氏，贵妃范氏，后来又宠幸选侍孙氏。结果这孙氏妖媚非常，还非常喜欢巫蛊厌禳之事。（这位孙氏玩的可不是普通的小布娃娃扎针之类咒人死的小儿科，人家玩的是通过巫术和个人魅力让朱常瀛只喜欢自己一个女人，而不去理睬王、范二妃。）由于孙氏的原因，朱常瀛不入王、范二妃宫中数年，一直宠幸孙氏。直到老桂王朱常瀛发现孙氏喜欢玩巫蛊，而孙氏也无子嗣，这情况才有了很大的改变。

　　朱常瀛赐死了孙氏，这才去和王、范二妃重效鱼**欢。王、范二妃共给老桂王朱常瀛生了世子六人，长子和次子早早就夭折了，而三子和四子无病无灾。到了崇祯年间，两人都已经到了行冠礼的年龄了。由督抚提请，经过宗人府和礼部各种程序，朱常瀛的三子朱由楥被封为安仁王，而四子就是当时被封为永明王的朱由榔。　

　　崇祯十六年（1643年）的时候，张献忠正转战湖广。左良玉虽然号称雄兵百万，但只是四处堵截，而不是积极和农民军进行正面作战。张献忠所部则避实就虚，攻击明军防守薄弱的城邑。衡州城为张献忠所
　　破，老桂王朱常瀛为了逃避张献忠军的四处烧杀抢掠，命湖广巡按刘熙祚派人护送其全家入粤避难。朱常瀛克日从陆路启程，而两位世子、随从官员以及宫内侍卫人员乘船从水路进发。结果，到了永州，世子等人所乘之船被阻于浮桥之下。而张献忠的部队此时也恰好从陆路追至永州，正好把朱常瀛的两位世子等人一锅端，全部抓到营中。有老百姓举报桂王朱常瀛的两个儿子在船中，于是安仁王朱由楥和永明王朱由榔两个倒霉孩子被人认了出来，关在永州大牢之中。随后张献忠军安排将朱由楥和朱由榔两人押上囚车，派人用木笼押往南阳。

　　眼看两人就没救了，然而命运忽然出现了转机。负责押送二人的张献忠手下官员姓徐，原来曾经中过乡试，参加张献忠的队伍也是情非得已。此人有心反正，就名人好生照看朱由楥和朱由榔兄弟，并同时飞速报讯给朱常瀛。朱常瀛虽然已经到了桂林，但是救子心切，只好找来了靖江王朱亨嘉和广西总兵杨国威。杨国威得知这一消息后，火速带兵七万攻占永州。由于那位姓徐的老兄从中周全，朱由楥和朱由榔被成功解救出来，毫发未伤，只是受了些惊吓（而那位好心的徐大人则命丧乱军之中）。张献忠听说永州失守，知道两广有备，就不复东行，带着兵马往四川去了。

　　崇祯十七年（1644年） ，也就是第二年，带兵来解救人质的广西总兵杨国威任务已经完成。但是杨国威怕再有闪失，就带着朱由楥和朱由榔两个孩子同回广西。而同时解救的老桂王朱常瀛手下大小衙门官员和侍从宫人都给予路费，送归朱常瀛。直到二月，安仁王朱由楥和永明王朱由榔以及陆续赶来的宫人官员才抵达桂林。

　　广西巡抚翟式耜、巡按郭封、总兵杨国威等人商议：老桂王朱常瀛是朝廷亲王，如今躲避张献忠逃难至此，总要花些钱粮安置。但是桂林已经有了靖江王朱亨嘉，两个王爷放在同一个城中多有不便。湖南一带虽然张献忠已经走了，但是城池多被烧掠，骤然回去只怕也不是什么好主意。首先，桂王府内这么多人的生活都难保障供应。广西虽然此时并未遇到农民军引发的战争，但是府库充实的郡治只有梧州府。只有请老桂王朱常瀛一行先去梧州安置，方便就近支付粮饷，然后再慢慢向朝廷题奏商议。

　　老桂王朱常瀛接受了广西官员的这个安置建议，由府江顺流而下， 崇祯十七年（1644年）六月方才到达梧州。
　　朱常瀛沿江安顿好了众人，广西省所司大小官员都前来慰问朝见。就在所有人都松了一口气的时候，忽然同时接到朝廷的两封诏书，一封是福王朱由崧于南京监国，而后称帝的即位喜诏；另一封则是三月十九日北京城被攻破，崇祯帝业已归元的哀诏。老桂王朱常瀛看到这两封诏书后伏地整整哭了两个时辰，一直哭到昏了过去，醒来又哭，由此得了不治之症。
　　到了八月，一直病重的老桂王朱常瀛终于熬不过去，一命呜呼了。广西的官员们商议将老桂王朱常瀛葬在藤县城北。
　　朱常瀛的陵墓造好后，入土安葬已毕。守墓的官员经常看见五色云气覆盖，就跑到桂王府去贺喜。时有童谣：”五色云，照王坟，归南土，永自明“。几乎人人都听过，然而没有人知道这到底是啥意思。
　　这时候由于天下大乱，军费资税甚多，平民百姓也多有生活艰难者。就连桂王府内也逐渐的银钱短少，不敷使用。广西相对富裕的梧州地方政府此时也仓廪空虚，供应相当不及时。桂王府上下嫔妃、僚属、宫眷人等尚有千余人，开销可不是个小数目。就算寅支卯粮，提前支取，也依然入不敷出。而安仁王朱由楥和永明王朱由榔两个孩子也都成了大人，渐渐的明白了事理。安仁王朱由楥这时候已经意识到桂王王位的继承人就在他和永明王朱由榔之间产生，就有点敌视弟弟朱由榔。再加上衣食短缺，朱由楥就更加觉得这个弟弟朱由榔分其衣食，想着要是没有这个弟弟该多好。