英诺森三世的继任者霍诺留斯三世是个优柔寡断之人，腓特烈自然不会放过这个机会，他开始不动声色地着手把自己长大的西西里作为政治基地。1220年，已经成熟的腓特烈终于依靠自己的魅力使帝国会议选举他为罗马人民的国王，这样同时控制了西西里和神圣罗马帝国的腓特烈皇帝的地盘把教皇国包围了起来。而这，也正是历任教皇最为担心和害怕的。
　　为了对抗这种局面，1227年，性格刚毅的格列高利九世当选为教皇，并将自己的后半生致力于与腓特烈二世的斗争，可惜的是，腓特烈二世行事谨慎，并没有留下任何把柄可以被教皇抓到对他制裁。上任后，格列高利唯一可以做的便是马上命令腓特烈二世按照约定进行十字军东征，以此消耗腓特烈的实力，如果幸运，腓特烈也许能够战死沙场。然而，这只军队却在途中遇到了瘟疫只好折返，但这却给了教皇公然发难的机会。面对无功而返的腓特烈二世，格列高利九世非常高兴，他马上命令腓特烈再次东征，这当然遭到了腓特烈的反对。于是，教皇因此对他处以绝罚，即将他逐出教会，这是教会最为严厉的惩罚。

　　这是一次极大的考验。被逐出教会就意味着与人民为敌，并可能遭到各贵族的联合反抗，然而，如果按照教皇的要求再次东征，腓特烈二世不可能在如此短的时间内筹集到足以支持战争的军费，这时候，作为一名杰出的统治者，腓特烈二世极高的外交天赋便被表现出来。
　　日期：2013-01-18 10:46:00
　　腓特烈最终决定再次东征以便与教皇和解，从而赢得贵族和人民的支持，并率军出征耶路撒冷，然而，出征的结果却令基督徒和穆斯林双方都大吃一惊，腓特烈二世的军队和平地来到耶路撒冷，避免任何战场上的交锋，腓特烈本人则与穆斯林长官进行了一场谈判，并签订了友好和约。和约将耶路撒冷送给腓特烈二世，并由腓特烈二世负责重建，他也因此成为耶路撒冷国王，当然，作为交易条件，腓特烈二世需与原国王的女儿结婚。就这样，不费一兵一组，腓特烈就成功收复了耶路撒冷，而这次和平谈判，也是十字军东征史上绝无仅有的一次，并收到了最好效果，埃及苏丹因此称赞他为最好的欧洲君王，更被后人称为“第一个现代统治者”。然而，这给了格列高利九世更好的攻击他的理由，教皇谴责他与异教徒通婚，并因此派兵进攻西西里。但教皇大大低估了腓特烈二世的力量，腓特烈二世率军以令人意想不到的速度返回意大利，并击溃教皇军。惨败的教皇不得不与腓特烈二世进行谈判，双方于1230年休战。当然，作为胜利的回报，教皇不得不解除对腓特烈二世的绝罚。

　　但教皇并不会因此与腓特烈二世和解，战争结束后，双方的矛盾更加激化，教皇想要铲除腓特烈二世的决心也日益强烈，而格列高利九世也有自己的筹码，那就是被他控制的腓特烈二世的儿子亨利七世。就像当年扶植腓特烈二世反对奥托四世一样，1234年，教皇鼓动自己扶植的新任罗马人民的国王亨利七世反对自己的父亲，但强大的腓特烈二世很快平定了这场叛乱，并废除了儿子的王位，把他囚禁在意大利的监狱里。在格列高利九世对抗腓特烈二世的斗争中，格列高利始终以失败收场，不久，腓特烈二世便迎来了一位更为强大的敌人，英诺森四世，英诺森四世一上任，就把铲除腓特烈二世为己任，并采取了一系列强硬措施，

　　1245年，腓特烈二世再次被新任教皇英诺森四世逐出教会，更为严厉的制裁接踵而来，1246年，英诺森四世支持亨利公爵为新国王，并鼓动各贵族组成同盟军发起了对腓特烈二世的军事制裁，在种种困难之下，腓特烈二世最终被意大利同盟打败，他本人也在1250年病逝，历经四代教皇，教会终于铲除了这个最为强大的对手。
　　除了一生的政治斗争，这位杰出的君王还给世人留下了许多宝贵的遗产。在黑暗的中世纪，腓特烈二世就已经意识到了教育的重要性，并在1224年创办了那不勒斯大学，在西西里办了一个诗歌学校。见惯了基督教世界的丑恶与肮脏，这位帝王并没有对伊斯兰世界抱有敌视态度，相反，他对当时最为发达的伊斯兰文明十分向往，并引进了许多伊斯兰先进生产技术，甚至还为自己的妻子和情人写了许多美丽的爱情诗篇，当然，在今天看来影响最为深远的，则是这位诗人，哲学家和统治者十分重视发展工商业，并对意大利资本主义比较发达的城邦表现出了极大的热忱，这极大地鼓励了商业活动和资本主义的萌芽和发展。

　　在教权与皇权的斗争中，皇帝虽然最终败下阵来，但教皇的威信却也大打折扣，造成这种局面的，便是成吉思汗大军的西征。
　　1218年，十字军发起了对伊斯兰埃及的第五次东征，1221年，尼罗河水泛滥，十字军不得不懊恼地撤退，然而，几乎在同一时间，一个振奋人心的消息传遍了欧洲大地：祭司王约翰率领千军万马消灭了中亚最大的伊斯兰国家花刺子模，欧洲人兴奋地期待着约翰王前来拯救他们。
　　然而，这位祭司王的性格是这样飘忽不定，击败穆斯林的约翰居然在1223年率军进攻了君士坦丁堡，罗马教皇与君士坦丁堡早已不睦，教皇本人便在1202-1204年发动了对君士坦丁堡的第四次十字军东征，并在此掠夺和屠杀达一个星期之久，所以，看到君士坦丁堡寄来的求救信，教皇只是在心里暗喜，这位祭司王是多么地了解他的内心，居然连他想清理异教徒的想法都知道。
　　不幸的是，祭司王约翰的进攻并没有就此停下，他们继续往西北方向挺进，深入到东欧，然后是中欧，一路杀到波兰，所到之处鸡飞狗跳，血流不止，人们四处逃命，争先恐后地躲进教堂里祈祷上帝的庇佑，然而，上帝并没有保护他们。又惊又怒的教皇赶紧安抚他的信徒说，祭司王一定是被这只来自地狱的军队给杀了，在欧洲屠杀基督徒的是撒旦，并暗中派人给祭司王写了一封信，要求他赶紧承认自己的罪行，并向天父忏悔。信仰自然之神且从未对任何人推行过自己宗教的蒙古信任统治者成吉思汗之孙对这封信大怒不已，这是第一次有人敢叫他为“罪人”，盛怒之下的蒙哥回给诺森四世一封同样让他暴跳如雷的信，要求他承认蒙古为宗主国，并按时交纳税赋，以此才可以免除血腥之灾，这也是第一次有人敢以这种口气跟教皇说话。

　　这封等同于宣战书的书信当然无能解除欧洲人的恐慌，一个又一个欧洲城市先后沦陷于蒙古的铁蹄之下，昼夜祈祷却仍难逃厄运的基督徒们开始怀疑，神真的可以在危难中救他们吗？为何祭司王会杀害自己的同胞呢？杜撰出祭司王神话的教皇却因这个神话而将自己陷入信任危机中。
　　在教权与皇权的长期斗争以及十字军东征和蒙古军西征的长期动荡中，欧洲的社会经济正在悄然变革。十三世纪见证了土地管理方式向中世纪晚期过度的整体性变化：以损失贵族封建制度为代价，为政治权力转移到冉冉升起的资产阶级手中做了准备。货币除了用于支付人头税以外，开始更多地代表农业的经济价值。农民更多的开始被要求上交土地税。“所有权”的概念开始代替古代的管辖权模式，尽管它们仍然联系得很紧密。在帝国辖区，权力联系得更紧密：无论是谁拥有了土地的管辖权，也就等同拥有了这片土地的所有权。然而，很重要的一点是，这一时期的管辖权并不包括司法权。法庭审判很大程度上依赖于传统和惯例。在这一时期，帝国所辖各区域开始转型为现代国家的前身。这正是资本主义萌芽的迹象，商业发达的意大利表现得尤为强烈。