万历九年(公元1581年)，李贽辞官归隐，借居在湖北黄安“胜己之友”耿定理家中，其长兄耿定向与李贽时有磨擦，起初碍于耿定理的面子，双方倒也相安无事。
　　日期：2012-04-14 20:58:11

　　但耿定理病亡后，其兄耿定向作为纲常名教的忠实卫道士即与李贽闹翻，李贽只好将妻女送回泉州，自己则在友人的帮助下几度迁徙，最后移居麻城龙湖畔的佛寺芝佛院，并削发出家。
　　十七年磨一剑，李贽与古佛青灯相伴，奋笔著书，完成了《初潭集》、《焚书》、《藏书》等巨作，他大胆而犀利地批判了程朱理学与社会现实，激起了官府及封建卫道士的仇恨，他们不择手段地迫害李老和尚。
　　先是万历二十九年，麻城的地方官僚烧毁了芝佛院，李贽被迫随友人马经纶北上通州，才侥幸逃过一险。不料第二年，主管大明帝国意识形态的礼部给事中张问达的等封建纲常的卫道士们上疏弹劾李贽离经叛道，妖言惑众，致使年过花甲的李贽被统治者逮捕入狱，在狱中无法忍受种种非人待遇而割喉自杀，享年76岁。
　　英雄惜英雄
　　开放的生活环境，特殊的家世，广泛的问学背景，坎坷独特的人生经历，造就了李贽孤傲独行、愤世嫉俗、宁折不弯、敢于颠倒千年之是非的魄力和勇气。
　　也使他更容易接受市民阶层生活方式的熏陶，进而成为这一时期杰出的先进思想家。它以标举“自然人性”的回归方式，实现了对正统理学思想的反抗，对传统自我思想的超越。

　　李贽重视历史上对财政经济问题有创造性的执政者。他推崇战国的李悝、汉代的桑弘羊、唐代的杨炎。李贽认为 “天下之重”的责任应该有宰辅大臣承担。
　　他理想中的社稷之臣，是他们的执政的实在功绩而不是道德的华丽言辞。一个具有奇才卓识的人，在为公众的福利作出贡献的过程中，决不能过于爱惜声名，因而瞻前顾后，拘束了自己的行动。他可以忍辱负重，也可以不择手段以取得事业上的成功。这种会小节而顾大局的做法被视为正当，其前提是以公众的利益为归依，而在伦理上的解释则是公众道德不同于私人道德，目的纯正则不妨手段不纯。

　　李贽在这些方面的看法，和欧洲哲学家马基雅弗利（Machiavelli）极其相似，堪称中国明代版的马基雅维利。
　　基于上述的思想理念，李贽对张居正有着特殊的好感。
　　李贽更为大胆地向世人宣称：一个贪官可以为害至小，一个清官却可以危害至大。他尊重海瑞，但是也指出海瑞过于拘泥于传统的道德，只是“万年青草，可以傲霜雪而不可以任栋梁者”。李贽还为俞大猷和戚继光极所倾倒，赞扬说：“此二老者，固嘉、隆间赫赫著闻，而为千百世之人物者也。”
　　在同时代的人物中，他最崇拜张居正，称之为“宰相之杰”，“胆如天大”。
　　可见在李贽心中，为官者最重要的是办实事，而非做好人。正如前文所言：政治需要的是如何管理，而好人只需要高风亮节就够了。虽然儒家标榜“男子有德便有才”，但若要所谓有德无才的正人君子治国国家恐怕天下会是一团糟。正如霍去病所言，不管是匈奴人还是汉人，不管以前有没有罪，我要的是会打仗的兵。

　　李贽为张相爷的覆巢之祸感到愤愤不平，他责备他的讲学好友周思敬不能主持公道，仗义执言，但求保全声名而有负于张居正对他的知遇之恩。
　　万历中期日本丰臣秀吉进犯朝鲜，朝鲜请求明朝援助，明朝发数十万大兵抗倭援朝，中日相持凡7年，并不能却敌，直到丰臣秀吉的死去，日本才退兵。
　　李贽对此大为恼火，在给友人的信中倾诉衷肠，责备庙堂诸老素食厚禄，不见有半个奇伟卓绝之士在其肺腑之间，舍公练熟素养，置之家食，我真不知道天下事诚应该托付给何人料理？！一些小人变态，便仓惶失措，大抵今古一局耳，今日真令人倍加思念张江陵。今天就是没有江陵其人，所以西夏叛卒至今负固。
　　对黑暗现状的失望导致李贽就对张居正产生了特别的同情。现存的各种文献没有确切史料可以证明李贽和张居正相识，但是他们之间存在交集，拥有共同的朋友。
　　李贽的前后居停，耿氏兄弟和周思敬，都是张居正的亲信，也都是当时有名的讲学家。耿定向尤为张居正所器重，万历六年出任福建巡抚，主持全省的土地丈量；耿定理是张居正隆庆五年所取进士，周思敬是张居正重用的教育官员，后来官至礼部侍郎。李贽应该或多或少通过这些人，了解到更多张相爷的信息。
　　张居正是政治家，何心隐、李贽是哲学家，他们同样追求真理，有志于社会改革和国家富强，又同样为时代所扼止，纷纷成为悲剧人物，也算是另一种形式的“殊途同归”吧。