会上，叶利钦在对前线的战绩做了充分肯定后，也提出了严厉地批评。他认为军方的疏忽是导致达吉斯坦共和国布伊纳克斯克市俄军军营遭袭的主要原因。他说：“一周之前还认为，大规模打击国际恐怖主义分子的战斗已经结束，但是匪徒进行了新的攻击，组织了残忍的破坏。”他认为这些匪徒不能被看做“伊斯兰分子”，因为他们进行的战争是反对达吉斯坦穆斯林人民、反对高加索地区和平与稳定的战争。因此，在达吉斯坦的联邦部队应该采取“迅速、坚决”的措施，消灭武装匪徒。在谈及具体问题时叶利钦指出，武装分子的失败使他们变得越来越残忍，在这种形势下，联邦军队也应该加大反恐力度，并采取相应的回击措施。叶利钦指出，必须切断境外敌对势力对恐怖分子在军事、财政方面的支持，只有这样，才能让恐怖分子丨弹丨尽粮绝。叶利钦请与会者转告在前线战斗的将士，俄罗斯应该为“人民的信任和军队的荣誉而战”，应该在短时间内取得“实际战果”，他认为“对峙时间越长，伤亡就会越重，信任就越少”。在会议即将结束时，叶利钦问此时已经国家杜马批准，成为俄罗斯总理的普京，俄罗斯军队计划在多长时间结束战斗。普京表示：俄罗斯无权在消灭达吉斯坦武装分子的问题上浪费更多时间。

　　9月14日，俄罗斯国家杜马召开会议，听取普京总理关于解决车臣问题的一揽子计划。普京计划的核心是：（1）车臣是俄罗斯领土不可分割的一部分，任何损害俄罗斯领土完整的行为，都将被认为是非法行为。（2）鉴于分裂主义分子正在利用第一次车臣战争中签订的《哈萨维尤尔特协议》实行国家分裂，试图以此解决车臣问题。所以，必须对这个协议重新评价，对它的执行情况进行公正的分析。（3）封锁车臣边境，彻底消灭达吉斯坦境内的匪徒。车臣领导人应当将逃回车臣的非法武装人员逮捕归案，移交俄罗斯处理。否则，俄军将被迫越过车臣边境，消灭这股武装。（4）建议由流亡在外，更有威信的车臣人组成合法的车臣政府。普京表示，只有在上述这些措施得到实施后，才能讨论车臣的政治和经济地位问题。

　　普京否定《哈萨维尤尔特协议》、否定民选车臣政府、否定马斯哈多夫合法地位的强硬立场，得到了议会的认同，同时让议员们对新总理的能力和决心有了更清楚的认识。包括多数反对党议员，都认为在消灭达吉斯坦境内匪徒后，彻底解决车臣问题的时机已经到来。但是，就在联邦准备采取更有力的措施时，恐怖分子又于9月16日早6时，在地方小城伏尔加顿斯克炸毁了一栋楼房，制造了一起死17人、伤150人的悲剧。这次爆炸与9月4日发生在达吉斯坦共和国布伊纳克斯克市军营恐怖事件的情节十分相似，也是一辆装着丨炸丨药的卡车停在这栋楼房旁边，通过遥控装置引爆的。

　　9月17日，圣彼得堡德文斯克街的一栋九层居民楼也发生了爆炸，2人当场被炸死，6人受伤。至此，恐怖分子自联邦军队在达吉斯坦清剿巴萨耶夫武装以来，已经制造了六起以平民为目标的恐怖事件，共造成了300多人死亡。与此同时，在莫斯科和远东的符拉迪沃斯托克（海参崴）还查出了大批丨炸丨药、引爆装置及其他武器。很显然，恐怖分子一是为了复仇，为在正面战场上遭到的打击寻求心理平衡；二是要以这种手段恐吓俄罗斯人民，试图制造出反战情绪；三是逼迫政府在不堪忍受流血、惊慌、混乱之后，像当年布琼诺夫斯克事件发生后那样，对他们做出让步。不料这些爆炸对恐怖分子来说，效果却适得其反，广大俄罗斯人民对他们所犯罪行的反应是义愤填膺。人们强烈要求政府采取有效措施，彻底解决车臣问题，杜绝恐怖事件。就连在第一次车臣战争时期始终与叶利钦唱反调的几个反对党，都在国家杜马会议上纷纷表态，支持政府在达吉斯坦和车臣采取的行动。可以说，第二次车臣战争初期，恐怖分子制造的几起爆炸，等于为普京进行了战前动员，为联邦政府解除了政治上的后顾之忧，同时也为几个月后普京获得更高的民众支持率奠定了基础。

　　9月24日，集总统委托、民族期望于一身的普京，在哈萨克斯坦新首都阿斯塔纳举行的记者招待会上发表了他那具有“历史意义”的讲话。他说：“俄罗斯飞机在车臣对恐怖分子的基地现正在实施打击并且将继续下去，我们将四处追击恐怖分子，如果在厕所里抓住他们，就把他们塞进马桶。”
　　第二次车臣战争
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　　血战格罗兹尼
　　与三年前发生的那场战争相比，第二次车臣战争显得层次和步骤都相当清晰，组织得也很有条理。战争共分为四个阶段：一是在达吉斯坦境内剿匪同时封锁车臣边境；二是向车臣挺进；三是对车臣首府格罗兹尼发动总攻；四是对逃进山区的非法武装进行清剿。

　　这次战争爆发前，车臣非法武装总兵力共有25000人。其中正规军9200人，由“国民卫队”（2500人）、“总统卫队”（300人）、“伊斯兰教卫队”（500人）及“国家安全部”部队（900人）、“内务部”部队（5000人）组成，总统马斯哈多夫为最高统帅。半官方的军队有由巴拉耶夫指挥的穆斯林特种师1000人；巴萨耶夫指挥的阿布哈兹营1700人；哈塔卜指挥的敢死队1300人；拉杜耶夫领导的特种团1000人。此外，还有大约6000名外国雇佣军和几千人的军阀武装。

　　联邦方面先后共投入了将近10万人的兵力，其中正规军7万，内卫部队约25000人。动用了苏—25及其改型强击机、苏—24战斗轰炸机、米格—29战斗机、米—24武装直升机、2S19自行火炮、D—30式122口径牵引榴弹炮、220mm“飓风”火箭炮、122mm“冰雹”自行火箭炮、КАБ—200Л及КАБ—1500П型制导丨炸丨弹、500型碎片航弹、500千克集束丨炸丨弹、T80和T90型坦克等重武器和先进武器。使战争双方的实力根本无法相比。

　　第二次车臣战争的第一阶段是从8月8日打响的。在迅速完成了对入侵达吉斯坦非法武装人员包围后，俄军用了一个星期时间，出动上千架次飞机，配合远程火炮，对非法武装在达吉斯坦境内占领的据点进行轰炸，摧毁了所有地面目标。当步兵发动攻击时，巴萨耶夫部队已死伤过半，只好放弃阵地。随后，俄军展开追歼。8月底，又分别在驴耳山和坦多村使非法武装遭到重创。

　　9月初，巴萨耶夫又从国内调集1000多人，驾驶着坦克、装甲运兵车、自行火炮等重武器，进入达吉斯坦，并在其北部平原的新拉克斯科耶、布伊纳克斯克等地构筑工事，储备作战物资，准备与俄军打一场持久战。针对这种情况，普京果断的增加兵力，同时决定封锁车臣与达吉斯坦边境，切断非法武装继续增援或逃跑的路线，将其压缩在狭小的空间内。这种态势使空中打击和远程炮火的优势发挥得淋漓尽致。至9月中旬，俄军以很小的伤亡就摧毁了非法武装200多个据点、50多辆装甲车、20门高炮及一批弹药库、燃料库。除巴萨耶夫带领少数亲信逃回车臣外，非法武装分子大部被消灭。第二次车臣战争的第一阶段胜利结束。

　　由车臣非法武装制造的达吉斯坦叛乱被平定后，俄军立即着手进行第二阶段，也就是挺进车臣的准备。首先，联邦政府成立了以普京为首，有国防部长、内务部长、总参谋长参加的战略指挥机构，负责制定总体作战规划。同时组建了以北高加索军区为基础的联合战役集团，任命北高加索军区司令员卡赞采夫上将为集团司令，统一指挥所有参战部队。

　　从9月下旬起，俄空军每天都出动50—100架次飞机，轰炸车臣境内的军事目标和基础设施。非法武装基地、据点、雷达站、防空系统、弹药库、燃料库、炼油厂、机场、通信设施、广播和电视台都在轰炸范围之内。10月1日，当情报显示非法武装已经基本丧失了在阵地与俄军抵抗的能力后，10万俄罗斯部队从达吉斯坦（东）、印古什（西）和斯塔夫罗波尔边疆区（北）三个方向进入车臣。在历时半个月，向几个中心城市推进的过程中，三个方向均未遇到特别有力的抵抗。10月15日，俄军控制了车臣1/3以上的地区，歼敌约2000人，摧毁了非法武装将近一半的重装备，完成了对几个城市的分割包围。

　　11月12日，俄军东线作战集团在特罗索夫中将的指挥下，开始攻打车臣第二大城市古捷尔梅斯。当地长老和志愿人员对俄军的行动给予极大支持，并且发挥了重要作用，使古捷尔梅斯在基本没有伤亡的情况下获得了解放。
　　12月2日，俄军又以同样方式攻克了车臣第三大城市阿尔贡，从而使首府格罗兹尼成了一座孤岛。
　　12月3日，俄军北高加索联合战役集团司令部宣布，第二次车臣战争第二阶段结束。在这个战役中，共歼灭非法武装分子4500人，控制了车臣60%以上的地区，而且在秩序较好的地区建立了由车臣人管理的亲莫斯科基层政权。
　　1999年12月初，俄军完成了对格罗兹尼的包围，开始组织第三战役。战役从扫清格罗兹尼卫星城镇开始，利用将近半个月的时间，先后攻克了乌鲁斯—马尔坦、沙利等集镇，切断了非法武装获得增援和补充的通道。随后，俄军将炮兵阵地前移至城外2—3公里的位置，使整个格罗兹尼都进入了有效射程，既可以事先摧毁对方工事，也可以使步兵在必要时得到炮火支援。

　　12月10日，俄军用飞机撒下传单，告知城内居民务必于12月15日撤离，并且在传单上画出了城市北部留出的撤离路线位置。从12月17日起，俄军在对格罗兹尼进行了连续几天的超饱和轰炸后，向市区发动了进攻。针对这座城市街区繁杂、建筑高大、混凝土构筑物多、尚有部分平民没有撤出的特点及实际情况，俄军采取了组建强击支队；分区划片，分割围歼；多路并进、立体突击；围三阙一，留出通道等战术，力争在城内歼灭非法武装主力，即使有少数敌人漏网，也要让其进入事先布置好的口袋，最后达到全歼的目的。