12月15日，车臣议会又通过了一个从16日零时起，在车臣全境实行为期一个月的紧急状态的决议，目标也是冲着巴萨耶夫的。但是，经过一段时间较量，马斯哈多夫知道自己根本不是巴萨耶夫对手，于是决定同他讲和。1999年7月3日，他与巴萨耶夫的代表签订了一项协议，同意共同建立国家安全委员会，以结束内部争斗。
　　战后之战
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　　达吉斯坦危机

　　1999年8月7日，一股由500多人组成的非法武装，在巴萨耶夫的指挥下，从车臣进入了相邻的达吉斯坦共和国，几天后，他们与当地民族分裂分子纠集到一起，形成了一支1000多人的队伍。他们袭击俄罗斯军队哨所，扣押人质，控制了博特利赫地区的安萨尔塔、罗霍塔及周围的几个村庄，通过自己设立的“伊斯兰电视台”，声称达吉斯坦发生了脱离俄罗斯的民族独立革命，并且扬言要在几天之后，成立由车臣和达吉斯坦共同组成的独立伊斯兰国家。

　　达吉斯坦位于车臣东侧，与车臣的地位一样，也是俄罗斯联邦的一个自治共和国，面积5万平方公里，约为车臣的三倍，人口250万，首府设在马哈奇卡拉。与车臣不同的是，达吉斯坦位于里海之滨，同阿塞拜疆接壤，与伊朗、土库曼斯坦、哈萨克斯坦隔海相望，是俄罗斯分享里海石油资源的重要依据，所以，地理位置显得更加重要。
　　自打杜达耶夫在1991年宣布车臣独立，达吉斯坦的民族极端主义势力就蠢蠢欲动，只是因为看到联邦政府在反对车臣独立的问题上态度非常坚决，更重要的是达吉斯坦政府内部反对脱离俄联邦的势力始终占据主导地位，所以，一直没翻起大浪。第一次车臣战争结束后，经过几年的演变，车臣朝野两派的领军人物都成了民族分裂分子。从表面上看，莫斯科也仿佛失去了解决车臣问题的能力，甚至失去了对车臣的控制。这种形势对达吉斯坦民族分裂分子无疑是一个鼓舞，于是，他们与巴萨耶夫里应外合，迫不及待地开始了“让战火燃遍高加索”的实践，至少打算把达吉斯坦变成第二个车臣。

　　车臣问题已经有了向整个北高加索地区蔓延的态势，这种危机让联邦政府别无选择。事件发生当天，叶利钦总统就召开了有所有强力部门参加的紧急会议，决定成立由内卫军司令奥夫钦尼科夫统一指挥的“反恐怖行动指挥部”，立即对发生在达吉斯坦的暴乱展开镇压和清剿。在此后不到24小时的时间里，由北高加索军区摩托化步兵、空降兵、空军、内务部特种兵，以及俄罗斯紧急情况部的部队共3万多人，就形成了对巴萨耶夫占据的这几个村庄的包围。在这次行动中，“反恐怖行动指挥部”在刚刚上任的俄罗斯代总理普京直接指挥下，吸取第一次车臣战争的教训，扬长避短，力争不与非法武装短兵相接，尽量发挥武器装备、情报通讯、立体作战等方面的优势，以最小的牺牲，取得了最大的胜利。

　　对于联邦军队在达吉斯坦境内的行动，车臣总统马斯哈多夫一直高度关注着。为了防止出现偷鸡不成蚀了一把米的局面，他从俄军在达吉斯坦开始行动就发表声明，声称“即使在达吉斯坦境内确实有车臣非法武装活动，与车臣政府也没有必然联系”。随后，他宣布从8月16日起在全国实行一个月的紧急状态，在主要城市实行宵禁，同时封锁车臣与达吉斯坦边境，将预备役军人和参加过第一次车臣战争的老兵都动员起来，开往边境地区。这些举措，名义是防止非法武装分子窜入车臣，实际是在应付可能发生的俄军“入侵”。此间，联邦方面曾经要求马斯哈多夫派兵参与在达吉斯坦的行动，但遭到车臣方面拒绝。

　　马斯哈多夫的发言人在宣布实行紧急状态时称：“人为地将达吉斯坦局势与车臣官方联系起来的做法，有可能在高加索地区引发新的战争，并将破坏俄联邦与车臣几年来达成的协议。”他指责俄罗斯在达吉斯坦的行动，实际是俄联邦的主战派在为1994—1996年在车臣战争中的失败复仇。但是他警告“敢于把战争强加于车臣头上的人，将付出比几年前更大的代价”。

　　两派力量联合了，他们在联邦政府面前，一个唱红脸，一个唱黑脸。在合法政权的掩护下从事恐怖活动，以期实现独立的目的。在他们的“管理”下，这段时间的车臣成了各国恐怖分子的藏身之地，走私、贩毒、抢劫、凶杀等案件时有发生。对于车臣所发生的这一切，莫斯科当然清楚，但是从这年春天起，叶利钦等人一直把主要精力放到了应付“北约”轰炸南联盟的问题上，让巴萨耶夫有了可乘之机。

　　战后之战
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　　黑手伸向莫斯科
　　在俄罗斯军队对达吉斯坦境内叛匪进行清剿的时候，马斯哈多夫采取了一系列行动，发表了不少带有挑战性质的讲话。他的所作所为是以手中的“实力”为依托的。果然，就在达吉斯坦的战斗正在紧张进行过程中，几起后果相当严重的恐怖事件相继发生了。
　　1999年8月31日19时58分，位于莫斯科红场附近的“梅尼兹购物中心”地下游戏厅突然传来一声巨响，被炸碎的玻璃、金属片横飞，人们的哭喊声，伴着滚滚浓烟一起从游戏厅飞出来。大约10分钟后，内务部、安全部的丨警丨察，以及救护车、消防车陆续赶到现场。据俄国际文传电讯报道，这次爆炸，共造成41人受伤，其中包括几名儿童和消防队员。

　　与以往发生的恐怖事件相比，爆炸造成的损失并非太大，但它的影响却极其恶劣。因为“梅尼兹购物中心”是在几年前为纪念莫斯科建城850年时兴建的。建筑质量、配套设施和装潢在欧洲都堪称一流。购物中心以经销国外高档消费品和快餐著称，所以，前来购物、观光者大都为“上流社会”人士。尤为严重的是，这次发生爆炸的地点距克里姆林宫只有几米的距离，它告诉人们恐怖分子已经来到了首都中心，来到了普京脚下，给莫斯科人民带来了不小的心理障碍。

　　事件发生后，莫斯科市长卢日科夫在接受电视台采访时曾经指出“这是恐怖主义行为”，他还称制造恐怖事件的人是“禽兽”。但是，这起案件究竟是不是车臣恐怖分子所为至今尚无定论。从当时达吉斯坦及车臣的局势看，完全存在车臣恐怖分子制造这次爆炸的可能。但职能部门在对作案手段、所使用的爆炸物进行分析后，认为莫斯科黑社会为争夺地盘发生火拼，制造爆炸事件的嫌疑也不能排除。

　　9月4日，俄罗斯达吉斯坦共和国布伊纳克斯克市发生汽车丨炸丨弹爆炸，目标是俄军第156旅的一幢五层公寓。这次爆炸共造成64人死亡，100多人受伤，其中大都为军人及其家属。
　　9月9日，莫斯科古里亚诺夫街上的一幢九层高的居民楼发生爆炸，致使94人死亡，20多人失踪，400多人受伤，直接损失达5亿卢布。事件发生之初，有关方面曾经以为是煤气管道泄露引发的事故。经过调查，莫斯科市长卢日科夫宣布：“这是一起恐怖事件。”来自强力部门的消息也证实，有两名原来租用这栋建筑底层经商的外地人，已经因犯“恐怖罪”被逮捕。但是，他们的一名合伙人已经逃之夭夭，而这个人制造爆炸的可能性最大。

　　9月13日，为了悼念在这几起恐怖事件中牺牲的同胞，俄罗斯总统叶利钦决定将这一天定为民族哀悼日。根据总统发布的命令，这天全国将下半旗志哀，电台、电视台都将停播娱乐节目。这已经是俄罗斯从苏联独立出来后的第九个全国哀悼日了，好在另外八次大都是意外事件。可是就在这个全国哀悼日刚刚到来的时候，又一起恐怖事件在莫斯科发生了。当日凌晨5时，位于该市东南部卡什尔斯基公路附近的一栋居民楼发生爆炸，一座八层大楼全部坍塌。由于这时多数居民还在梦乡，所以，造成的伤亡非常大，共有70人在爆炸中死亡，30多人受伤。

　　莫斯科市长卢日科夫针对莫斯科连续遭到恐怖袭击采取了几项应对措施，其中包括在一昼夜之内对莫斯科3万多栋居民楼逐栋检查，不许有一个死角；对进入莫斯科的外来人员身份以及接待外地人员的住所进行严格检查；从外地调动警力支援莫斯科，发动当地居民组成民众纠察队，对莫斯科大街小巷进行昼夜巡逻，特别是对进入莫斯科的卡车要进行严格检查。

　　恐怖事件发生后，叶利钦马上发表了电视讲话。他说：“恐怖分子已经向我们俄罗斯人民宣战。我们必须团结一致，给以迎头痛击。政权对于恐怖活动的回击应该是恰当、严厉、迅速和坚决。”随后，叶利钦召开有联邦各强力部门参加的会议，这是他几个月来第一次主持安全会议，让人看到了联邦领导人投袂而起的决心。