在这起事件发生前后，俄罗斯媒体对此也进行了铺天盖地的报道，而且大都言辞激烈。就连军方主办的《红星报》，都在其发表的评论中指出：“整支部队攻占城市，冲击政府大楼，枪杀和撞死路人，扣押上千名病人为人质，这已经是一场战争，一场侵略…… 国家根本没有充分认识到这场新的威胁，也没有对击退它做好准备。不是一个、两个，而是200个手持大口径机关枪的战斗队员通行无阻地进入纵深100多公里。只是当他们开始按自己的计划行动时，他们才被发现。如果他们攻击的不是只有5万人口的布琼诺夫斯克，而是斯塔夫罗波尔、罗斯托夫甚至莫斯科？要是刽子手乘着‘卡玛斯’汽车进入红场呢？”

　　迫于方方面面的压力，克里姆林宫在1995年6月29日召开了布琼诺夫斯克人质事件专题会议。遗憾的是直到这时，就连事件的一些情节都没有搞清。匪徒的准确人数到底是多少？其中的一部分究竟是怎么事先进入市区的？他们使用的武器和弹药是随身带进去的，还是早就藏在市内什么地方了？如果是带进去的，他们怎么能坚持四个多小时的枪战，而且不吝惜子丨弹丨？对布琼诺夫斯克的恐怖行动是巴萨耶夫计划的全部，还是一起更大阴谋的一部分？他们到底要到什么地方去？

　　特别令人愤慨的是，不要说匪徒的情况没有搞清，就连自己的情况都没搞清。比如说对医院发动攻击的命令是谁下达的？匪徒到底是经过哪条路线越过车俄边境的？为什么每个部门介绍的情况都不一样？总之，有关方面的工作不能不让监督部门和媒体指责。有鉴于此，总统只好忍痛割爱。在这次会议结束时，叶利钦同意了副总理兼国家民族事务委员会主席叶戈罗夫、内务部长叶林、国家安全局局长斯捷帕申和斯塔夫罗波尔边疆区行政长官库兹涅佐夫的辞职请求。

　　会上，国防部长格拉乔夫说：“作为行动领导人的我，在第一阶段没有协调好除了内务部以外的各个强力机构，其他部门被我忘记了，而他们也没有表现出主动精神。关于布琼诺夫斯克，半年来我第一次置身于同行的背后，没有去那里帮助他们。我想正式向叶利钦和斯捷帕申道歉，因为我向报界说了他们一些尖刻的话。我准备辞职，请把这句话视为我的正式请求。”

　　在所有难逃干系的强力部门领导人中，只有国防部长幸免于难。但此刻，这位号称俄罗斯拿破仑的部长，早已对在车臣动武有了新的认识，起码是在取得胜利的难度上已经清醒过来。他不再期望用一、两个伞兵团，在两个小时内就解决车臣问题，只希望这里不要变成当年的阿富汗。
　　由于在布琼诺夫斯克事件发生前战事已经基本结束，同时，非法武装也需要喘息，所以，事件的发生似乎带来了短暂平静。但是，谁都知道，潜在矛盾一点都没有解决。在双方为释放人质被迫开始的谈判中，虽然就停止战斗行动、交换战俘、收缴武器、各种政治力量都可以参加竞选等事项达成了妥协，但其立场却相距甚远。在车臣地位问题上，联邦政府的态度是车臣必须留在联邦范围内，可以自治，但不能独立。车臣方面则坚持要脱离俄罗斯。在杜达耶夫的问题上，俄方提出他不能参加竞选，而且必须离开车臣和独联体国家。对方的态度却认为杜达耶夫是合法的民选总统，是车臣的“民主改革之父”，当然不能离开自己的国家。这些问题都是无法调和的，可见，短暂平静的背后还蕴藏着暴风雨。

　　1995年11月，在与非法武装的谈判迟迟没有进展的情况下，莫斯科决定在车臣恢复合法政权。克里姆林宫急于采取这种措施的原因有四：（1）当时杜达耶夫已经被赶进了深山，车臣实际上在大半年的时间里出现了权力真空。经济萧条、社会秩序混乱，凶杀、暴力事件随处可见，走私军火和贩卖丨毒丨品的案件比比皆是，百姓民不聊生。这种局面如果不尽快改变，必将引起车臣人民，甚至引起原来在感情上反对车臣独立的人们的不满。而所有这些，在没有地方政权的情况下是无法改变的。（2）莫斯科认为，随着合法政权的建立，杜达耶夫的政权就成了非法政权，其手下的武装也就成了非法武装。这种社会地位的改变，首先会使一部分挟裹在非法武装里面的基本群众得到觉醒，使极少数非法武装骨干分子受到最大限度的孤立和打击。（3）叶利钦始终认为，与非法武装谈判本身就是一种让步。在他看来，车臣本来是下属的一个行政主体，作为联邦政府，只能为下级仲裁，根本不存在谈判。目前，所以被迫与恐怖分子直接对话，原因就在于没有一个合法政府，否则，这种事情完全可以由他们出面，而联邦政府则手握大权、高高在上，坐山观虎斗，到必要的时候下去吹几声黑哨。比起现在被搞得焦头烂额的局面，那种境界是何等超脱潇洒。（4）1996年将是俄罗斯大选年。现在，各种政治力量的角逐已经开始，而车臣问题又是叶利钦这架天平上最重的一只砝码。他希望这里尽快安顿下来，哪怕只给他半年时间。

　　合法政府的建立首先还是要选择代理人，而这时莫斯科对他们扶植了几年的反对派领导人阿夫图尔哈诺夫已经失去了兴趣和信心。想来想去，车臣宣布独立前的苏维埃主席、杜达耶夫的老冤家扎夫加耶夫又进入了叶利钦的视野。
　　1995年11月1日，俄罗斯驻车臣地区管理局突然宣布，恢复1991年被杜达耶夫搞垮了的苏维埃。几天后，这个刚刚恢复的机构就选举扎夫加耶夫担任了车臣政府主席。扎夫加耶夫二次执政后显得很大度。首先，他发布了一份公告，邀请杜达耶夫走出深山，共谋振兴车臣大计。虽然他的作秀遭到后者揭露和拒绝，但还是从中捞取了一些政治资本。1995年12月8日，他又以国家元首名义，与俄罗斯总理切尔诺梅尔金、俄罗斯总统驻车臣全权代表洛博夫签署了车臣在俄联邦内特殊地位的协定，规定车臣共和国有权参加国际交往和对外经济联系，并可以制定自己的宪法和法律。

　　叶利钦苦苦等待了几年的东西终于得到了，兴奋之余，他决定在车臣进行大选，把扎夫加耶夫名正言顺地扶上台。为了营造祥和气氛，他还发表了一项特赦令，宣布所有放下武器的非法武装分子，都可以得到赦免并受到联邦政府法律保护。
　　12月17日，车臣大选如期举行，虽然扎夫加耶夫获得了90%的选票，从而当选为总统，但这个选举结果实在令人难以认可。人们认为它不是一次真正的选举，因为它既没有什么竞选活动，也没有公布准确的选举地点和时间。在投票的当天，除了在政府大楼门前设了一个固定投票箱外，只有几辆没有标志的公共汽车在大街小巷里转悠，知道是选举车的人就上前投一票，不知道的就过去了。一些俄罗斯评论家和自由派的看法是：扎夫加耶夫的大部分选票都来自驻车臣的俄罗斯士兵。在车臣举行的选举激怒了杜达耶夫，不敢说这里存在着必然的因果关系，总之，一起比布琼诺夫斯克事件更悲惨的恐怖事件发生了。

　　1996年1月8日夜间，一支隶属于杜达耶夫武装第六大队的600多名非法武装分子，在杜达耶夫的侄女婿，素有“孤狼”之称的匪首拉杜耶夫率领下，身着迷彩服，头戴钢盔，悄悄地越过车臣边界，进入了达吉斯坦。他们翻山越岭，绕过俄军一道道哨卡，于9日清晨神不知鬼不觉地来到达吉斯坦共和国首府西北方向的基兹利亚尔市。匪徒首先向机场和火车站发起攻击，但由于遭到俄军顽强抵抗很快就撤出了战斗。随即，他们迅速占领了该市的市立医院和产院，以及医院附近的三栋高层居民楼。把楼内的居民、医院里的病人和医护人员总计3000多人集中到一起，当成人质。从机场、车站方向追过来的俄军以及用武装直升机送过来的增援部队与恐怖分子发生激烈战斗，双方都有伤亡。整个城市乱作一团。

　　上午10时许，俄军完成了对两家医院的包围，同时切断了基兹利亚尔通往各个方向的道路，使恐怖分子成了瓮中之鳖。但是歹徒通过无线电台发出警告，声称如果俄军再发动进攻，只要有一名车臣人被打死，他们就将杀害15名人质。他们还把一些妇女推到窗口和门口，充当人体盾牌，使俄军被迫停止了营救行动。
　　基兹利亚尔的消息很快传到莫斯科，媒体敏感地把这起事件与半年前发生的布琼诺夫斯克事件联系到一起。有的报纸甚至发出这样的惊呼：“莫非我们大家都要成为杜达耶夫和巴萨耶夫的人质？回答吧，总统先生。”
　　当天下午，叶利钦在克里姆林宫召开了有总理切尔诺梅尔金、安全委员会秘书洛博夫、总统第一助理柳申、国防部长格拉乔夫、内务部长库利科夫、联邦边防局长尼古拉耶夫以及联邦安全局长巴尔苏科夫等人参加的紧急会议，研究对策。会上，叶利钦抑制不住愤怒的情绪，把与会者像孩子似的狠狠训斥了一番。他说，去年6月14日在布琼诺夫斯克市已经发生过类似的事件，为什么我们的边防部队还没有吸取教训，还在睡大觉，又让恐怖分子越出国境。

　　当时，俄罗斯和西方几家媒体都直播了这次会议的情况，人们普遍认为，总统的批评无的放矢。因为众所周知，边防部队通常只负责国境线的守卫，而达吉斯坦与车臣的边界是由内务部队把守的。