此时姚安有席上珍、杨和尚聚众抵抗大西军，还有当地高姓土官暗中支持。大西军拨派四营兵马前去平定姚安。众贼兵又找到姓高的土官，将其捆绑起来，打算将其一并杀死。高土官跪地叩头乞降，这才算勉强做吧。至此，姚安也被平定。
　　大西军用了不到三个月的时间，将西路州县悉数平定，带着沐天波和杨畏知回到昆明。孙可望让沐天波招降当地土司。于是，石屏龙在田、嶍峨禄培、甯州禄永命、新興王扬祖等各处土司都前后次第降于大西军。各地土司只有蒙自沙定洲任然聚众抵抗，还有东川禄万钟观望不前。
　　孙可望、李定国、刘文秀商议让年纪最小的弟弟艾能奇前去讨伐东川。艾能奇还未动身就听说东川没有米吃，百姓大多数都吃荞麦果腹。吃荞麦先要用磨来磨，东川百姓用完石磨之后怕人偷窃抢夺，都沉入水中保存，让人难以找到。艾能奇怕路途遥远，米粮供应不上，就让每营驮两副小磨以备不时之需。艾能奇虽然考虑的很周到，但是磨毕竟是石头所制造，部队携带这么笨重的东西，机动力受到严重的影响。但是可巧一路没有遇到敌兵，也就将就着向东川缓慢进发。就在艾能奇部走到离东川还有三十余里的时候，忽然遭到树林中弓弩伏击，贼兵被伤害甚多，就连艾能奇也被射伤。原来禄万钟早已防备有人攻打东川，暗中埋伏弓弩手于密林两侧以伏击来者，所用箭簇都涂有毒药。正好遇上了因为驮了石磨而行动不灵便的大西军艾能奇部，在密林之中射出的毒箭只好被艾能奇部照单全收。艾能奇拔去毒箭，血流不止，连夜抬回昆明，此番征伐只好作罢。其余三人连夜找良医医治，这时大西军中有个绰号“老神仙”的军医看了伤处说：“毒已入骨，需要谨慎调治，百日才能痊愈，不然怕是就起不来了。”然而艾能奇乃是年轻武人，并没有耐心谨慎调治，未过十日就肆意而为，结果箭疮迸裂而死。孙可望等三人都亲往治丧。待到发送之时，昆明全城老幼都来吊孝。（可以看得出此时的云南百姓已经和大西军关系明显要融洽的多）

　　永历二年（1648年），孙可望让沐天波名义上任然提调云南汉彝官兵，加云鹤服色；任命杨畏知为英华殿大学士兼都察院左都御使，任僎副之。（都是伪官）其余各级官僚给赏有差。并在昆明操练兵马，以待出兵攻略尚未顺服的地域。此时云南诸势力皆已降服，只有沙定洲仍然聚众守御，未归降大西军统治之下。因为大西军入滇之时曾宣传是为沐天波复仇而来，而此时即使不管沐天波和沙定洲的恩怨，这沙定洲占住蒙自依然是众人的眼中钉、肉中刺。

　　孙可望派李定国率兵前去征伐沙定洲。自永历二年（1648年）八月起，李定国开始攻略阿迷。沙定洲在阿迷以千人拒敌，李定国率部将其杀得片甲不留。沙定洲又于蒙自设防，照样被李定国攻破。此时，云南百姓听说大西军流贼代沐氏复仇，都开始思念起故主沐天波，夹道欢迎大西军前去攻击沙定洲。而大西军所攻必克，无人敢撄其锋芒，沙定洲的士兵们都望风而逃。李定国率部攻至佴革，一路如摧枯拉朽一般，完全没有丝毫畏惧。沙定洲沿途设防简直就是形同虚设一般，并未起到作用。

　　蒙自既失，沙定洲只得无奈的退回老寨。李定国安营在沙定洲老寨四周，将其围得水泄不通。如此包围了二十余日，李定国军中粮食开始不继，临安之米差不多只能供应军中半月之粮。孙可望得报，发民夫背粮以供应前线。每人领米二斗，至临安缴纳一斗五升，其余五升作为民夫口粮。脚价银二两到三两不等。此时大西军为了保证军内粮食供应，严禁粮米交易，只允许百姓小笔买卖口粮，大宗买卖一律不准。老百姓见脚价颇丰，都乐得去做脚夫，反而不以搬运粮食为苦。米至临安，再换脚夫送至前线。一路上运粮的脚夫络绎不绝，前线的大西军已无缺粮之厄。

　　李定国见粮食问题已经解决，下令切断沙定洲老寨的水源。凡沙定洲下山取水之处都是泉水，大西军砍伐树木盖于其上，用土填平，派贼兵下营守住。沙定洲在寨中干渴无水，用滚木礌石滚下来，大西军立于泉水之上的营盘立时守御不住。李定国又命贼兵砍圆木立栅于沙定洲老寨四周，这样沙定洲的滚木礌石就被木栅挡住，滚不到远处。李定国还派人挖地道，准备用火药爆破沙定洲老寨一角，然后冲杀进去。沙定洲无计可施，知道如此下去必然受不住，干脆缩入九龙坉。李定国又再将沙定洲所在的九龙坉团团围住。这九龙坉也没有水源，只有平时贮水供急用的水池，既然被团团围住，沙定洲只有更加烦躁。

　　沙定洲原来曾和阿迷土司王灼、李老虎等人歃血为盟，有事互相援救。（此时沙定洲手中所谓“节制汉彝”的大权，因为除他之外的大部分土司都已经归降大西军而成为空话一句。）只能指望李老虎、王灼等人知道消息前来救援，好让自己突围前往安南。哪知道王灼、李老虎等人见大西军势大，早已投顺了李定国，还送去牛羊和酒犒军。在这节骨眼上怎么可能带援军来呢？沙定洲见水源将竭，粮又将尽，甚至已经有手下开始杀马为食，颇为无奈。思来想去，却也无计可施，只得派昆明城中跟他一道谋叛的熊一举、汤嘉宾两人一起去李定国军前请降。

　　李定国见来请降，表面上对两人待之以礼。还派人和熊一举、汤嘉宾一道回去入寨招抚，以示诚意。沙定洲果然不加怀疑，随李定国派去的人一起出寨投降。沙定洲到大西军大营见了李定国，立刻磕头哀求。李定国却领着沙定洲四处观看营垒，只见大西军米粮如山，兵马如蚁，器械鲜明，队伍整肃。沙定洲参观之后甚有惧意，觉得强悍的大西军和自己的队伍比起来强弱过于悬殊。回帐之后，李定国设宴款待，看沙定洲的动静。第二天早上，沙定洲辞谢归寨，李定国还上次蟒袍、大帽、金带，沙定洲手下众人均给以赏赐。李定国还和沙定洲约好后天再举行宴会，并告诉沙定洲这次来的兵马打算班师回昆明了，所有大小头人，都叫沙定洲请来赴宴领赏，还特意嘱咐沙定洲千万别失约。沙定洲看好吃好喝招待自己，还约好下次饮宴，就放心大胆的回寨去了。李定国见沙定洲走后却外松内紧，暗中挑选健壮军丁两百名埋伏在帐外伺候，各带结实麻绳，只要听见枪声就抢出去，见一个捆一个。对外却装模作样，杀牛羊，搭松棚，叮嘱厨子准备摆几桌像样的宴席。

　　沙定洲到了约好那天，果然带着李老虎、熊一举、汤嘉宾以及二十多名亲信头目前来赴宴。诸人按顺序团团坐好，李定国让人端上酒来。沙定洲一伙人在寨中被大西军围困封锁得死去活来，一见到酒，就像见到失散多年的好兄弟一样，全部开怀痛饮，没喝多少时候就都醉了。就在沙定洲一伙人正在痛饮大嚼的时候，忽然听见一声枪响，二百军丁一拥而上，沙定洲以及其带来的众人一眨眼的工夫全被捆了个结结实实。李定国这个时候已派兵乘着沙定洲寨中放松紧惕攻入九龙坉。众贼兵将沙定洲的妻子万氏以及子女全部杀尽，卷走金银器物和珍奇宝贝，尽驱山寨中的牛马妇女儿童回营，一把火将九龙坉烧成了灰烬。自此蒙自土司沙定洲所倚恃的九龙坉和其余山寨被大西军一鼓作气攻取。