乙酉年（1645年）十二月十五日，鲁王驾临萧山。众将商议分门突进，定于二十四日丑时发动集体攻击以光复杭州。上游五云一带，如正阳、钱塘等门，分配给方国安；张国维等人负责下游姜家嘴一带；太平、艮山等门，分配给王之仁、熊汝霖、陈潜夫等人；再往下游，由章正宸、孙嘉绩、钱肃乐、沈宸荃负责；最下游由吴凯、郑遵谦收尾。

　　时间很快到了十五日丑时，诸将才知道清兵提早侦知明军动向，也大费周章的制订了防御策略。清兵由于兵力少于明军，意图死守，背城一战，以决胜负。真正的战斗开打了，现实完全出于明军战前的意料之外。上游的方国安部一马当先，只知道向前。清兵将计就计，佯败后退，而分兵一枝从万松岭截击方国安部。方国安部被清军夹击，前面的精锐退不出来，而背后也无援军，好不容易逃出来的士兵都以神速上船逃回明军本阵去了。

　　方国安本来还有两三千挑选出来的精锐部队尚可做策应，或许能够扭转战局，然而居然打到最后也没有人想到调度这支精锐部队出战。方国安指挥抱头痛哭，一筹莫展。其部下也都呆若木鸡，没人为他出计献策。就是方国安的侄子方元科，也按兵不动，以保全自己实力为上策。下游的熊汝霖等将领虽然亲冒矢石督战，奋勇杀敌，把清兵打得颇为狼狈，但是胜归胜，败归败，下游众将斩将夺旗也改变不了上游方国安主攻任务失败的现实。（战后清兵清点伤亡人数，明军死伤多于清军。）此次攻城计划完全落空，明军士气受到了很大打击，从此战之后，明军诸将再也不频繁提及与清军陆战，更别提协同作战去攻杭州城了。

　　丙戌年（1646年）正月初三日，鲁王朱以海回到绍兴城。婺州粮饷缺乏，张国维暂时回去筹饷。其余义旅无船无饷的，或者去了瓜沥，或者住在民房里，或者屯扎在内陆。虽说各营都有守军，但是真正能担当重任的只有西陵的王之仁，龙王塘的熊汝霖以及小興的郑遵谦。义兵的粮饷问题再次显现出来，由于没有足额发放充足的粮饷，战斗力和士气都很受影响。
　　这时候诸将接到掌握水师的荆本彻和黄斌卿的塘报：清军有大量战船从海上前来进攻明军。因此鲁王命令众将向东防守，孙嘉绩部移至临山，于颖部移至三江，钱肃乐部移至沥海，沈宸荃部移至观海。（这种消极的防御策略使得钱塘江西侧的防守更为贫弱）。又有传闻说清兵要掘河，自赛公塘至江口，以躲避明军干扰放船出江。清军还遍地搜寻废铁，用以制造子『弹』，可见清军确实有东渡进攻的想法。

　　正月二十七日，明军以舰炮轰击清军阵地，杀死敌军数十。不巧的是，炮舰在这个时候搁浅了，差点就被清军所截获。
　　清军发现明军船在江中，所能够使用的武器只有枪炮，而江面宽旷，明军只要一下船过江，清军已经凭高眺望发现明军动向。清军开始不主动出击打水战，只见明军船上帆动，就已经张满帆等待明军上门，甫一接战，双方机动力差距甚大。舟楫之便在这样的情况下已经不足为惧，甚至是双方旗鼓相当。明军陆战数次为清军铁骑所冲，实在是站不住脚，刚上了岸又被挤下江中，队伍立刻被冲乱且自相践踏，匆忙退至船中，还会有溺死者。这也是为什么明清两军在钱塘江对峙良久而不分胜败的原因。

　　所以熊汝霖等人认为应该以江上用兵对峙为正兵，而别出奇兵骚扰敌后，截其粮道。而这奇兵实在非浙西诸路军莫属。诸人起义勤王以来，江南诸郡愿内应者甚多，只要能越过钱塘江兴复江南，局势就一片光明了。
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　　于是，在丙戌年（1646年）二月开始，熊汝霖开始命令部下秘密联系嘉、湖两州以及太湖流域反清势力，下定决心以奇兵由海宁、海盐直捣嘉、湖以截断清军粮道。进一步考虑到嘉禾是苏淞地区往来的要冲，即使偷袭攻取也不一定能守得住；而湖州接连太湖，又靠近长兴、吴江，便于机动作战。一旦明军攻占湖州，预计将能够得到江南诸郡勤王起义众势力的支持。这样的话，相对于嘉禾来讲，攻下湖州以立足更有把握一点，从清军后方牵制以扼其项背没有比这样更合适的方案了。然而这个方案起码必须精锐三千人马，至少发给半月的粮饷，再派有能力的可靠部将去，才或许能够有机可乘。

　　熊汝霖将这计划传送给诸将协商，结果诸将自上次陆战攻城战败以来士气低落，毫无进取心可言。只是天天以据守钱塘江为务，拿与清军不分胜负这种话来自我麻『醉』。根本谈不上去联络义师进取江南，迂回至敌军后方了。熊汝霖想自己施行这个计划，但是部队人数本身就不充足，抽出精锐来就更显得人少。而且朝廷给熊汝霖部的粮饷又被打了折扣，诸将本身粮饷都贪得无厌，根本没有挪借的可能。熊汝霖与诸将商议数日，完全没有任何进展，只好将此很有可行性的方案搁置。

　　丙戌年（1646年）正月至二月，钱塘江上明清两军没有发生任何大规模的战事，诸营久守懈怠，外加粮饷不足，士气开始低落。王之仁和张名振上疏鲁王：“开始起事的时候，人人都还有直取黄龙，光复明室江山的心思，然而数月以来竟然要以钱塘江为鸿沟。如此下去，天下事会怎么样发展还需要说吗？我们愿意以所部兵将沉船誓死一战。今天要是打算死，那还是与敌人战斗而死；他日要是打算死的话，只怕连战死也不能够了!”

　　三月二日，清兵开堰，将战船放入钱塘江中。张国维、王之仁、郑遵谦、张名振各率所部水师从江心接近清兵展开缠斗。战后明清两军依然基本保持隔江对峙的局面。
　　恰好这个时候，隆武朝廷派佥都御使陆清源带着诏书和十万饷银，前来钱塘江畔犒军。结果这位陆大人前脚到了钱塘江边，后脚就被贪财无厌的方国安连人带钱粮给掳走了。
　　这把正在方国安军中的马士英给高兴坏了。马士英因为在鲁王政权中不得志，就派人到隆武朝廷那边活动，想搞双面投资。然而，隆武帝那边的情况要坏得多。原来隆武帝登基之诏中给马、阮等人所做的欺主卖国之事细细的开列了一篇檄文，已经将他们置诸十恶不赦之列。马士英后来托了方国安打通郑芝龙的门路，向隆武帝推荐自己。结果隆武帝只是说等克复杭州之后再做区处，才给了马士英一个芝麻大的协理办事头衔。堂堂大明宰相之尊，在两个朝廷都被视如敝履，这让奸诈无双的马士英怎么能咽下这口气？

　　于是，马士英教唆方国安杀了陆清源灭口，并且要毁尸灭迹，还说这样能讨鲁王朱以海和忠于鲁王的诸臣的欢心，最好再写篇檄文指斥隆武帝，那就更好。因为即使隆武朝廷追究起来，也是整个鲁王政权大家来集体背这黑锅。坐得十万饷银，又何乐而不为呢?（其实，马士英是知道斩使劫饷这么做的后果的。反正两个朝廷都不打算用他，他干脆唆使方国安这根棒槌把局面搞乱，造成越闽不和的局面，以解心头之恨。所以说小人得罪不得啊......）