起初，城内的守军并不知道详情，一味地朝城下射箭，导致无数的俘虏倒了下来。每倒下一名俘虏，蒙古士兵便将尸体推进战壕里。
　　后来，不花刺的守军知道那些是自己的同胞时便不忍心下手了，成吉思汗借此良机下令发射更多的巨石，在巨石的掩护下，蒙古士兵架起云梯，士气高昂地朝战壕处冲击过来。
　　守城的不花剌军人有3万余人，他们是由突厥人构成的雇佣军，而讹答刺的俘虏大多是波斯的什叶派穆斯林，他们虽然是突厥人的本国同胞，但并非来自同一个民族。
　　于是，守城的士兵决定继续射箭进行还击，蒙古兵又被击退了。渐渐地，守城军人的尸体，蒙古士兵的尸体，加上俘虏们的尸体很快便填平了不花剌的战壕。成吉思汗遂下令士兵踩着尸体渡过战壕，步入了城墙下面，他们架起云梯，登上城墙，很快就打开了一个缺口，蒙古军队顺着这个缺口冲了进去，攻下了这个花剌子模重镇。
　　更令人发指的是，在城堡陷落以后，成吉思汗立刻命军队将城中所有军民全部斩尽杀绝，除了有技术的匠人外一个不留。据史料记载，蒙古士兵将不花剌的军民赶出城，列队斩杀，每名士兵杀了27个人。

　　失陷城市的恐怖遭遇很快就在花剌子模国内到处散播开来，百姓们都感到狼狈且惶恐着，蒙古军残暴的做法干扰到了花剌子模人的战斗情绪，并使他们的意志陷入了麻痹的状态中。
　　成吉思汗没有选择在不花剌逗留太久，即刻下令朝花剌子模的国都撒马耳干进军。
　　日期：2013-12-08 19:21:38
　　撒马耳干在公元前五世纪时就是粟特人的都城。按照地理位置上看，撒马耳干可谓是当时世界的交通中心，是丝绸之路上重要的枢纽城市，连接着波斯，欧洲，印度和中国。发达的商业贸易催生出城市的繁华，城内水渠纵横，浇灌着花团锦簇的公园，商铺鳞次栉比，每天都有各色商人叫卖着不同的商品，诸如珠宝，蛇玉，皮革，浆纸，美酒以及奴隶。
　　在波斯语中，撒马耳干的意思是“肥沃的城堡”。马其顿大帝亚历山大曾对这座城市赞不绝口：“我所听说到的一切都是真实的，只是撒马耳干要比我想象中更为壮观。”
　　随同蒙古大军出征的耶律楚材当看到这座美轮美奂的城市时，被这里的富庶且风景优美所深深的打动，不禁留下了一首脍炙人口的七言诗：《过阴山和人韵》。
　　异域风光特秀丽，河中风物出乎伦。
　　绿苑连延花万树，碧堤回曲水千重。
　　谁知西域逢佳景，万顷青青麦浪平。
　　这首诗后来收入在耶律楚材本人所做的《西游录》中，大概是咏叹异域风光的唐诗中创作得最遥远的一首了。
　　出身文明社会的耶律楚材看到同样被文明沐浴的撒马耳干时不禁触景生情，让他陶醉在这种异国文明中。但这座历史悠久的名城很快就要真的进入历史的怀抱中了。
　　与耶律楚材的赞叹不同，成吉思汗看待这座雄美的城堡时想的却是如何毁灭它。他命令女婿脱忽察儿去骚扰城市边上的种田人，并把他们赶到城下，当着守军的面杀了那些个农民。然后，骑着马不停地朝城墙上放冷箭，企图将守兵引出来。

　　城上的守军见蒙古军队如此猖狂，被彻底激怒了，他们眼见蒙军人数稀少，便打开城门冲了出去。脱忽察儿的队伍把他们引到了一片荒草前，成吉思汗的主力就埋伏在长草中。他们捂住了战马的眼睛，以防马发出惊嘶，等待守军赶来时就突施冷箭，将他们包围。
　　但驻守撒马耳干的军队足有11万，加上前来助阵的马鲁长官汗灭里的4万大军，人数几倍于蒙古军队。虽然蒙古军队也都是精兵，但他们的优势在于机动性，可以在短时间内长距离的奔袭，以迅雷之势完成斩首行动。一旦正面面对兵力强于自己的敌人时，优势就难以发挥了。
　　成吉思汗渐渐不知，虽然作为后援的拖雷及时赶来，却依旧无法撼动撒马耳干这座铁城。城中的摩诃末大喜，开始对自己所制订的防御措施感到沾沾自得。他的长子，花剌子模王子扎兰丁·明布尔努（一说是三子）这时提议应从古都玉龙杰赤调集兵马前来解围。
　　但摩诃末觉得撒马耳干的军队足以缮守城堡，他命令扎兰丁前往玉龙杰赤调兵，然后率军分别出击予以蒙古左翼和右翼的窝阔台及术赤的军队进行攻击，企图各个击破，用围魏救赵的方式解除撒马耳干的危机。
　　扎兰丁与自己的祖母秃儿罕哈敦素有嫌隙，秃儿罕哈敦一直希望摩诃末能够立自己喜欢的那个孩子为继承人，但扎兰丁的能力一直为父亲所欣赏。平心而论，扎兰丁确实具备了英雄所具备的一切品质，摩诃末虽有昏庸的一面，但本质上仍是个明君，为此，他甚至与母亲发生了争执。扎兰丁平素很少前往玉龙杰赤勤见祖母，如今国难当头，他也不得不硬着头皮前往了。
　　就在扎兰丁离开后不久，一个意想不到的敌人突然出现在了撒马耳干的最北面，那就是者别和速不台所率领的蒙古先锋。他们绕了一个大圈子，来到了敌人的身背后。

　　撒马耳干的北面是一望无际的齐尔库姆沙漠，摩诃末原本希望利用这个天然屏障保障自己的大后方。他认为不可能有人能够翻越寸草不生的可怕沙漠，可是他低估了蒙古人的坚韧精神，久经战争的磨练使蒙古军队拥有着比一般军队更加刚健，深博的战斗素养，对于他们而言，没有任何苦难是无法被征服的。者别的从天而降使摩诃末的计划流产了，而这正是成吉思汗想看到的。
　　者别与速不台的军队选择了一个雾夜偷偷地将云梯架上了撒马耳干的北城墙，因为前方尽是沙漠，那里也就成为了守卫的盲点。者别的军队杀了城墙上的守军，打开城门将城外的成吉思汗大军引入城内，当尚在睡梦中的摩诃末发觉时，蒙古军队已经攻进了撒马耳干的内城。
　　仓皇之下，摩诃末只得带上几个随从逃出城外。蒙古军攻陷撒马耳干只用了5天的时间。
　　同其他文明城市一样，成吉思汗军队在对待撒马耳干这座举世无双的华美城市时依然是不厌其烦的破坏，似乎这种癫狂的破坏和凶残的掠劫是对胜利最好的嘉奖。
　　实际上，蒙古军队并非是为了破坏而破坏，他们拥有铁一样的纪律，在成吉思汗没有下令的情况下，蒙古士兵们会像忠实的猎犬一样不会触碰猎物的一丝一毫。蒙古士兵也不一定会在这种野蛮的行径中得到快乐，他们不过是服从命令罢了。

　　成吉思汗本人也不是尼禄那种视毁灭为艺术的暴君魔王，实际上，他每下一个命令有含有深远的策略。蒙古军队在侵犯西夏，西辽时都没有进行过任何的屠杀，对待金时也只是毁灭了中都。
　　但花剌子模与这些国家不同，它不仅是帝国，且距离蒙古异常遥远。当西夏和金在发生反抗时，成吉思汗可以随时出兵镇压，但对于花剌子模则鞭长莫及，一旦花剌子模从衰竭中开始慢慢复苏，成吉思汗也只能听之任之。而被蒙古征服过的花剌子模如再次强盛起来的话，必然会威胁到蒙古的霸权，他们的仇恨会转化成愤怒，说不定有朝一日会向蒙古挥师。