铁木真立即再次派出信使通报战况，果然，王汗在听到自己义子受了重伤表现得非常伤心，他说：“我并没有收到第一次的来信，使我的儿子差点殒命，我真实太后悔了。”说完，立刻派自己的儿子桑昆和弟弟札合敢不率军搭救。本来战争尚在胶着状态，有了克烈部的支持，铁木真又重新夺回了优势。扎木合则步步撤退。在撤退的过程中，他与自己的盟友们失去了联系，其他部落也都回到了各自的领地去了。虽然扎木合暂时撤退，并不意味着他彻底的输了，铁木真只是击散了扎木合的联盟使他们无法联络，但敌对的势力仍然存在，随时都可能卷土从来。对此，铁木真做了下一步的战术布置，他要将扎木合的联盟分化瓦解，各个击溃。

　　其实，扎木合在战术上犯了一个非常严重的错误，从地理位置来看，与他结盟的部落大多生活在铁木真的营地周围，只要他的联盟从四面包抄，同时进攻，很容易可以使铁木真陷入垓下之围中。扎木合之所以没有那样做，是因为那样一来联盟必然将各自为战，自己将无法统一指挥，也就无法满足他的权利欲。
　　铁木真首先选择进攻的是规模最小的合答斤部，胜利之后，又接连消灭了撒勒只兀部、亦乞列思部，至于翁吉剌部，他们一部分降附了铁木真，还有一部分在首领阿蔑勒的带领下逃回了捕鱼儿海子。铁木真虽然没有直接攻击扎木合，但他的行为等同于在给扎木合截肢。并且，在征讨这些部落的过程中，铁木真并非一味撕杀，而是剿抚并用。这些部落原就素闻铁木真是宽容、良善的君主，他们认为即使奋死抵抗也不会落得好下场，于是许多部落都没有浪费一兵一卒就接受了招安。对于投靠自己的手下，无论过去的敌人还是旧臣，铁木真均一视同仁，他论军功行赏罚，以才华来提拔下属，这让许多背景不深的人都看到了晋升的希望。这其中就包括后来叱咤一时的名将木华黎，他原本是奴隶出身。

　　铁木真的为政策略使蒙古军队变得积极，蓬勃，充满了进取氛围。很快，他的周围便汇聚起了许多军事精英，他们的数量已经远远大于被贵族们控制的行政人员。于是，铁木真借机开始推行新的政策。他认为既然军人多了，那么部落的财产分配就必须要向军人倾斜，他向贵族们提出盐铁垄断的政策要求，将这些贵重的资源交给军队管理，结果遭到了贵族果断的反对。

　　之后，铁木真在挥军攻打塔塔尔部时颁布了新的军令：军队在战胜了敌人的情况下所掠夺来的财物不得私藏，应统统归于集体。通过战争掠夺来的资源是草原部落最主要的收入来源，铁木真希望通过控制这些资源来养活自己的王权，因为他要靠军人来拥护自己。在阔亦田之战中，他让答里台和阿勒坛充任前锋，这原是不得已而为之，旧贵族的势力依然在控制部落的方方面面，铁木真不过是象征性的领袖。所以，铁木真如果打算摆脱这种勒迫就必须为自己招募更多的亲兵，但募兵就得取资给养，铁木真毋宁要掌控部落的资源。他无法用行政手段更改旧有资源的归属，于是就运用其他方法去摊薄贵族们的利益。

　　铁木真亲自率军在答阑捏木儿格思与塔塔儿人厮杀，他命令士兵如果被敌人打退，就退到最初冲锋的原阵地，休息片刻就要反攻，不反攻者，则就地处斩！这种严明的进攻方式就如同背水一战般，蒙古部的士兵仿佛嗜血的豺狼，他们将塔塔儿人厮杀怠尽，并把残余的势力驱赶到兀勒灰河牢牢地圈了起来。
　　蒙古部再一次大获全胜。然而，三大贵族并没有遵守议定的军令，将战利品掠为己有。铁木真再也没有给他们面子，派遣者别和忽必来二人把他们掠得得财物、马群等，全部没收。贵族们这才发现，如今的铁木真在经过多次战斗已凝铸了庞大的力量，旧贵族本来是他从新崛起时的靠山，但现在却成了他专揽权威的障碍。贵族的拥护对于他而言已是可有可无了。他们觉得，铁木真要将扎木合消灭，但他自己也越来越像扎木合一样独裁了。

　　不过，虽然贵族们对铁木真修改分配战利品方式感到不瞒，但铁木真在分配的执行上却无可挑剔，他不分官长等级，不计尊卑地进行分配，让所有人都心悦诚服地对他忠诚驯服。并且，这种分配方式也杜绝了士兵因贪婪地抢夺战利品从而导致军队的行动陷入萎靡。
　　歼灭了塔塔儿人后，铁木真将亲族召集到帐房里举行大议，内容是如何处理该部落的俘虏。合撒儿说：“塔塔儿人曾经杀害了我们的祖先和父辈，我们要报仇雪恨，我认为，应该把他们的男人全部杀光！剩下的女人，漂亮的当作那颜们的妻妾，余下的就分给各家做奴婢。”

　　铁木真担心如果把俘虏都杀了，自己恐怕会留下骂名，人们会把自己看做与扎木合一样凶残的人。他要打倒扎木合，所以必须行事要处处与他相反。但蒙古人现在都群情激愤，发誓要报仇，他们的感情又不得不顾。于是，他让自己的几个兄弟秘密地处理此事。但别勒古台却不甚将此泄露了出去。塔塔尔人听到后，纷纷互告说：“他们会把我们的成年男人都杀死，把女人当作性奴隶蹂躏。我们每个人都在自己的袖子里藏把刀子吧？咱们死之前，也要先找个垫背的杀掉。”

　　塔塔尔人突然的反抗造成了蒙古部很大的伤亡，但他们还是被彻底杀光了。铁木真因此惩罚了别勒古台，不允许他在其后参加大型议会，只能在外面整治和审判案件。直到议会的喝盏（会议结束后的酒会）结束后才可以进来。
　　铁木真本想跟着征服蔑儿乞部，但就在他出征塔塔尔时，王汗的军队却在巴儿忽真脱窟木突袭了蔑儿，并杀死了酋长脱脱别乞，获得了无数的财产。王汗本人也得到了脱脱别乞的妻子和两个女儿，克烈部独自占有了所有的战利品，对于铁木真也没有给予任何说法。
　　对于王汗的趁火打劫，铁木真心存不满，不过他仍然践行着自己所明誓过的忠诚。而此时的扎木合只能依靠自己最后的盟友乃蛮部来与铁木真周旋。此时的乃蛮部已经聚集了许多新的部落，并且得到了西辽人的支持，对铁木真的威胁非常大。铁木真决定消灭这个部落，为此，他动员了部落中所有能参战的男性，大有决一死战的气势。铁木真觉得出征乃蛮很可能是自己毕生最后一次大规模的战争，为此他重新规划了自己军队的编制，将部队统一划分成以“千户”为单位，过去的蒙古部都是由氏族的那颜（贵族）各自管理军队，以至于数量参差不齐，许多大氏族难以顺服管理。铁木真将军队统一划分的目的不言而喻，就是意在摊薄旧氏族的势力，一旦部落中各势力平均，就会相互制衡，大汗权威的重要性便突出了出来。并且千户制实则就是千人制，规模正是团的大小，符合成熟的现代战争的理念。

　　然而，这次改革并没有完全落实，问题仍在于旧贵族的掣肘。他们认为千户乃是毁坏千百年来氏族传承的制度，所以极力反对。铁木真无奈，只有将自己的禁卫军（此时已更名为怯薛）的人数扩充到了5000人，远远高于任何贵族的军力，目的不言而喻，仍然是要控制王权。铁木真将自己的禁卫军分成宿卫和散班，共有四部分，由博尔术，博尔忽，木华黎和赤老温担任四怯薛长，并由子孙挂籍世袭。而当年自己所训练的1000名勇士此时也成了成熟的军事将领，铁木真将他们分拆安置到各个氏族中，用做眼线和牵制。