噶尔丹曾被达赖喇嘛赐号为“丹增”，这个词在藏语中有着特殊含义，代表着藏传佛教的一位重要护法神——马头金刚，此神据说是观世音菩萨的愤怒化身，其形象为红色身体，三目圆睁，獠牙外露，头顶上显现出绿色马头，右手持骷髅宝杖，头戴五骷髅冠，项挂五十颗人头做成的璎珞，威立于炽热般若烈焰中。
　　1670年，这位丹增护法神命运的转折点终于到来。就在本年，他的兄长、准噶尔部首领僧格被两个兄弟谋杀，在达赖喇嘛的支持下，噶尔丹迅速回到准噶尔弑兄杀弟平定内乱，顺利继任为准噶尔首领。
　　根据史料记载，噶尔丹临离开西藏时，五世达赖喇嘛曾和他这位得意弟子有过详细的密谈：“嘎尔丹将行，达赖喇嘛多秘语。膜拜别，曰‘杀运方兴，汝乃出也’”。因此，研究者认为很可能有这么一种情况存在，即经历过多次血雨腥风的达赖喇嘛临别前向涉世未深的爱徒面授机宜，布置了后来的一系列平乱行动。
　　但师父领进门，修行在个人，尽管有老谋深算的达赖指点，噶尔丹本人的能力也相当重要，史载他在战斗中充分展现了个人魅力，其勇气和才华使得准噶尔人心悦诚服。清人曾绘声绘色地记载，在与其兄长争夺汗位的生死决战中，直面对手“率万骑接战，三分其军，驰向东，尘翳降天日”的浩大排场，噶尔丹“独当先，跃马挺枪，最深入，斩杀百十骑，溃其军，身不著一矢。”此情此景，整个儿一准噶尔的常山赵子龙啊。

　　战败后的敌人退守到一座险峻的山岭，滚木檑石如雨点般飞下。“众莫敢往，嘎尔旦立斩宰僧数人，徇于军。身率二十骑先登，呼声振天地。遇七清汗，入其军，手缚之，左右皆走散，莫敢当，皆大惊异以为神，弃弓矢，下马趋拜降。”
　　这里的“宰僧”应是“宰桑”的异译，可能来源于汉语的“宰相”，是蒙古人的高级官衔，也就是说有好几个高官倒霉蛋被噶尔丹杀了祭旗，随后这位生猛的蒙古汉子再次身先士卒，一马当先冲了上去，敌人大惊失色，竟以为天神下凡，于是纷纷跪了。
　　后世学者认为，做为温萨活佛的转世，噶尔丹曾在西藏学经十年，并以达赖喇嘛作为自己的强大后盾，这为他取得准噶尔汗位奠定了坚实的基础。尤其是，当噶尔丹回来时，卫拉特蒙古地位最高的活佛咱雅班第达已经去世，这位活佛虽然出身和硕特部，但却一直是噶尔丹父亲巴图尔珲台吉的政治盟友，他利用自己在漠西和漠北蒙古的崇高威望，积极为巴图尔统一蒙古各部的梦想奔走。身为达赖喇嘛的得意弟子，温萨活佛便自然而然顶替了过世的咱雅班第达，成为卫拉特蒙古的最高主教。这种特殊身份使他在准噶尔人的心目中获得了近乎于神的地位。当僧格遇害后，准噶尔人仓皇失措，因此当噶尔丹突然出现时，“众审视惊喜，下马罗拜为神”。

　　通过血腥的内战，噶尔丹全面接收了哥哥僧格留下的遗产，不仅包括他的汗国，还包括他的老婆——僧格的遗孀阿奴就此嫁给了噶尔丹。据说，这位智慧与美貌兼备的王妃，此前就暗恋着自己已成为活佛的小叔子，当丈夫被杀后，她立即派人去拉萨给噶尔丹送信，这才有了后来温萨活佛脱下僧袍重披铠甲的一幕。两人结婚后，阿奴马上成为了准噶尔新汗王的得力助手，她不仅积极为丈夫出谋划策，有时甚至还亲自披挂上阵冲锋，真正的夫唱妇随。

　　此后，前温萨活佛与达赖喇嘛的关系仍极其密切。这位已成为可汗的徒弟一直相当尊重自己的师父，向拉萨频繁奉献供品，每每遇到大事都要请示达赖喇嘛，并与拉萨的同学们通过书信来往甚密。公元1677年，南疆重地喀什发生内乱，失败的白山派首领哈司刺.阿巴克和卓（和卓‘Khwaja’，是伊斯兰教对领袖人物的尊称）逃往西藏，在那里他乞求达赖喇嘛的帮助，达赖喇嘛于是要求自己曾经的弟子噶尔丹施以援手。

　　对于这件穆斯林领袖竟向佛教领袖求援的咄咄怪事，法国历史学家勒内.格鲁塞在其影响深远的名著《草原帝国》中不无讽刺地写道：
　　“当人们考虑到佛教的僧侣政治与穆斯林之间的鸿沟时，阿巴克的这一举动可能显得奇怪。但是，在政治领域内，不论哪一种教义，两种形式的教权主义都是一致的。这位‘佛教教皇‘仍认为他从前的‘唱圣歌的童子’噶尔丹会忠实于他的命令，邀请他使穆罕默德的代表在喀什复位。”
　　果然，这位“唱圣歌的童子”相当配合师父，在喀什白山派残余势力的内应下，他率兵迅速挺进南疆，很快攻占了喀什并扶持阿巴克复位，《草原帝国》对此评价道：
　　“噶尔丹是极其热心地服从他，因为这一使命除了使他能够在喀什噶尔建立准噶尔人的保护国这一事实外，还使他成为喇嘛教会和伊斯兰教会两者的卫道士。”
　　公元1681年之后，噶尔丹向东攻占了吐鲁番和哈密，向西则连年征伐哈萨克等部族，一直杀到伏尔加河下游的诺盖草原。公元1682到1683年，噶尔丹率军向北方发动猛攻，哈萨克首领头克汗几乎全军覆没。公元1684年，噶尔丹再度进攻中亚，攻陷并毁掉了中亚名城赛里木（Sairam，不是新疆的那个旅游胜地赛里木湖，而是哈萨克斯坦南部的奇姆肯特，古时通常译为塞兰），将势力扩展到了锡尔河和阿姆河两大流域的河中地区。

　　到噶尔丹全盛时，中亚几大名城包括撒马尔罕、布哈拉、乌尔根齐（即花剌子模国都玉龙杰赤，位于土库曼斯坦），中亚各族包括浩罕人（主要是乌兹别克人）、哈萨克人、布鲁特人（即今天的柯尔克孜人，国外称吉尔吉斯人）均处在这位准噶尔大汗的权力之下。而《清圣祖朝实录》则说，噶尔丹“破回子中之萨马拉罕、哈萨克、布鲁特、叶尔钦、哈思哈尔、塞拉木、吐鲁番、哈密诸国，其所攻取降服者一千二百余城，乃习于战斗之国也”。

　　就这样，打着宏扬黄教、为达赖喇嘛进行圣战的旗号，经过十年的血腥征服，噶尔丹占领了几乎整个新疆地区以及西至现在乌兹别克斯坦的大片中亚领土，建立起一个庞大的准噶尔汗国，它北与沙皇俄国接壤，南和喀尔喀蒙古（即现在的外蒙古）相邻，其属地如哈萨克等多被迫放弃原来的伊斯兰教信仰而改宗黄教。
　　这一切血腥的战争，都是在达赖喇嘛默许甚至鼓励之下进行的，而达赖喇嘛自己也在其中受益颇丰——据五世达赖喇嘛的自传记载，藏历铁鸡年即公元1681年正月初二，“噶尔丹丹增博硕克图汗将缠头人的疆域收归自己统治下之后，把以叶尔羌为主的一千五百座城镇、二百万户人口奉献给我”。
　　据说，当年的中亚大草原上，牧人们都知道普天之下有三个最强大的君主：俄国的沙皇，中国的博格达汗即清朝皇帝，以及准噶尔的博克硕图汗——“博硕克图汗”就是五世达赖喇嘛赐予噶尔丹的名号，意为“佛王”。