但是，长州藩的攘夷志士们对长井雅乐的建议甚为反感，他们在暗中策划了各种反对活动，甚至一度企图暗杀长井雅乐，永绝后患。这些志士的核心人物是桂小五郎（后来的木户孝允）、久坂玄瑞、高杉晋作等一众“松下村塾”出身者。因为恩师吉田松阴死于幕府大老井伊直弼之手，他们坚决反对公武合体，要求彻底“尊王攘夷”。这些攘夷志士们趁藩主毛利敬亲与长井雅乐来往于京都和江户之时，暗中联络长州藩内的反对势力，对长井雅乐的主张群起而攻之。受到反对派的影响，连原本赞同长井雅乐的重臣周布政之助的态度也慢慢发生了转变。看见藩内的舆论风向渐渐转变，尊王攘夷势力占了上风，藩主毛利敬亲的态度也冷淡下来。

　　日期：2015-03-11 17:31:09

　　长井雅乐在长州藩备受攻击，度日如年。他期待自己的建议能被幕府和朝廷正式接受，这样长州藩内的攘夷势力就会不战自退。但是，文久二年（1862年）1月15日，对长井雅乐甚为赞赏的幕府老中安藤信正在坂下门外遭到水户浪士袭击，安藤信正虽逃得性命，但不幸后背受伤。政敌们借机攻击安藤信正胆小惜命，有违武士之道。安藤信正不堪流言，愤然辞任，长井雅乐也痛失伯乐。同时，身在京都的“攘夷派”公卿们也开始了游说活动，指出长井雅乐的《航海远略策》中有诽谤朝廷的字句，孝明天皇改变初衷，决定不采用长井雅乐的主张。

　　4月，看到情势大好的久坂玄瑞等攘夷志士向长州藩主提交了《长井弹劾书》，里面历数了长井雅乐的12条罪状，其中有“向幕府官员出卖吉田松阴”、“用诡辩之术欺瞒长州藩主赞同公武合体”、“不顾藩主有病在身，劝说藩主前去江户”等等重罪。正如前文所写到，吉田松阴自己供出暗杀老中间部诠胜的计划，幕府自然不能轻易放过，与当时任长州藩直目付的长井雅乐何干？况且，长州藩中赞同“公武合体”的重臣何止长井雅乐一人？不仅如此，久坂玄瑞等还抓住《航海远略策》中的遣词造句不放，进行了文字狱式的攻击。众口铄金，积毁销骨。长井雅乐在长州藩中的处境越来越艰难。

　　日期：2015-03-11 17:31:29
　　无论是“倒幕派”还是“公武合体派”，大家都是长州藩藩士一体，藩论久久不能统一，必然影响到长州藩的团结。身为长州藩藩主的毛利敬亲不能坐视长州藩分裂，但是，要想一统藩论，必须有人承担责任。多年来，毛利敬亲对长井雅乐亲如父兄，但是，长州藩意见分歧，眼看将生内乱。为了收拾局面，毛利敬亲忍痛下了命令，称长井雅乐巧言蛊惑藩主，应引咎切腹。
　　长州藩藩厅之中支持长井雅乐者大有人在，他们纷纷为长井雅乐求情。而长井雅乐并非上书辩白，而是坦然接受了这一命令，他在切腹前一天给自己多年的好友，也就是高杉晋作的父亲高杉小忠太寄去一封长信。长井雅乐在信中表明了自己安然赴死的态度，并在信的末尾写上了这样的诗句：“湿衣着身无所惧，惟思吾国往何方。”这诗句正是长井雅乐的绝命诗，他表明自己虽被诬告，却相信历史终究会还给自己一个清白。

　　日期：2015-03-11 17:32:22
　　文久三年（1863年）2月6日是长井雅乐切腹的日子。而他切腹的地点选在了荻城下土原的自家宅中。担当监督职责的检视役正使国司信浓、副使系贺外卫来到下土原的时候，长井雅乐已经穿好了白衣，做好了切腹的准备。担任介错职的是长井雅乐的侄儿，年方21岁的福原又四郎，他早早就来到了叔父家中，默默等待切腹的时刻。
　　长井雅乐轻轻唱了一段世阿弥的歌谣《弓八幡》后，便按照长州藩最严格的规矩，有条不紊地开始了切腹。

　　长井雅乐脱去了外衣，取下小桌上的白纸，细细擦拭了脸部和腹部。随后，他又用白纸裹住短刀，右手持刀，左手拉过小桌，靠在自己身边。屋中虽有四人，但大家都屏住了呼吸，静得连一根针落地都能听见。
　　长井雅乐将腰带松开，右手持刀轻轻插进腹部左侧，左手按在右手之上，令刀刃深入到腹部深处，随后将刀拖向右侧，在腹部划出一条笔直的伤口。长井雅乐随后将刀向上方拔出，一路滑向颈部动脉。原来他不想让介错帮忙，想要自己结束生命。
　　但是，他腹部的伤口太深，鲜血瞬间急喷而出。长井雅乐左手捂住腹部伤口，右手持刀向咽喉处抹去。可能是伤势太重，他的右手失去了准头。他提起左手，双手握住短刀，再次向咽喉刺去。刀刃虽已着肉，但并未深入。这时，似乎是力气耗尽，长井雅乐手中的短刀一下扎进榻榻米中，身体也摇晃着倒了下来。
　　检视役以为长井雅乐已经失血而死，正要走上前检视。此时，长井雅乐突然抬起头，拼尽全身力气直起身来，端坐如初，腹部伤口中不断有鲜血流出，将榻榻米染成一片血红。他似乎已经感觉不到疼痛，睁大了眼睛环视四周，目光如电。检视役正副使和他眼光接触之时，身上都起了一阵战栗。
　　福原又四郎不忍看叔父受苦，他走到长井雅乐身边，轻轻地环抱住他的身体，手持短刀向他的咽喉处刺下。但是，长井雅乐摇了摇头，不愿接受帮助。福原又四郎只得放开了手，向后退去。不过，看到长井雅乐的手臂已经不听使唤，只能在空中盲目地挥舞，福原又四郎再次持刀前进。可是，在一瞬间，长井雅乐突然有了力气，他挥刀迅速地割断了自己的气管，鲜血急速喷出，身体仍然保持着正坐姿势。福原又四郎含着眼泪按着切腹的规矩将长井雅乐的身体放平，双手合在一起。

　　日期：2015-03-11 17:33:18

　　长井雅乐享年44岁。
　　长井雅乐气质儒雅，博学多识，是个长于文章辩才的文士。但是，一个恂恂君子却选择了这样惨烈的切腹方式，可能是出于被无辜构陷的愤怒吧。为了长州藩不至于分裂，长井雅乐坦然就死，但他拒绝介错，坚持亲手结束生命，用这样极端的方式向世间做最后的抗争。
　　当时天气尚寒，但目睹了长井雅乐切腹场面的检视使们汗透重衣，检查了尸体之后便默默而返。可是，讽刺的是，担任检视役正使的国司信浓不久后也因为“禁门之变”被责令切腹。不知他在切腹的时候，有没有想起长井雅乐呢？
　　日期：2015-03-11 17:34:00
　　长井雅乐死后5年，在长州藩和萨摩藩联手合作下，江户无血开城，明治政府成立。而长井雅乐在《航海远略策》中所写到的“开国进取”，和明治政府的基本路线完全吻合，分毫不差。但是，正所谓成者王侯败者贼，明治政府的元勋们的事迹被后人传唱，而长井雅乐其人其事已经被掩埋在历史的尘埃中，又有多少人知晓？

　　日期：2015-03-12 17:28:07
　　5.“天才浪子”高杉晋作
　　度无趣之生，行有趣之事。——高杉晋作
　　这是幕末的长州藩志士高杉晋作（天保十年~庆应三年，1859年~1867年）在病中所咏的句子。