三路出击的红巾军由于互相协调不好、组织不善，虽然纵横数省，但最后全都以失败告终。只有刘福通本人则于1358年率领主力攻陷了河南汴梁，并以此为首都,算是为北方红巾军挽回了一点脸子。
　　“野火烧不尽，春风吹又生”。 在此期间，南方红巾军亦不甘落后，于1355年重振声势，在湘、鄂之间纵横弛奔，连克襄阳、武昌、汉阳等城镇。徐寿辉以汉阳为首都，分兵四掠，又拿下了湖南常德、辰州、衡州、岳阳等处。
　　元朝正规军在应付大规模农民起义时终于暴露出了纸老虎的本质，表现令人失望。那时，各地的官僚机构亦陆续被起义军摧毁。一时之间群雄并起，全国大部分地区处于割据状态。元朝的嫡系军队的无能让昔日不可一世的蒙古贵族脸上无光，使他们从自大变成了自悲，他们为了拯救这个垂死的政权，不得不放权，企图“借刀杀人”，默许各地的官僚地主阶级自行组织地方武装，与起义军抗衡。

　　日期：2012-06-10 13:02:12
　　各地的官僚、地主中的精英出手了，他们为了保护本阶层的权势与利益，遂开始组织“义军”、“义丁”、“乡军”、“民兵”等名目繁多的地方武装集团。在元军获得新生力量的补充的同时，北方红巾军的好日子就快要到头了。刘福通是草莽英雄，他不重视建设根据地，不重视发展生产，只靠掠夺敌人的物资来维持部队的生存，因而在迅速崛起的同时也蕴含着迅速失败的危险。

　　元军地方武装集团之中比较著名的是元将答失八都鲁，他于1351年在襄阳一带招募的“义丁”，这支队伍多次在湖北、河南等地与红巾军交战，具备一定的战斗能力，曾经成功地镇压南、北琐红巾军及攻克毫州。
　　另外一支威名显赫的“乡军”是由原驻河南的探马赤军人察罕贴木儿与罗山吏员李思齐于1352年联合组织的地方武装，他们连年在黄河南北及关陕地区围剿红巾军，获得了不俗的战绩，逐渐控制了陕西、山西及河南的部分地区，慢慢地对刘福通形成了致命的威胁。
　　在南方，贫农出身的福建人陈友定，成了官僚地主阶级的代理人，他于1352年在清流县组织地方武装镇压红巾军为有功，因而在1361年被元政府委任为参知政事，成为雄据福建的军阀。此外，假元旗号鱼肉地方的军阀还有活动在赣南、粤北的何真等人。
　　有枪就是草头王，能打就是老大。那些迅速崛起的，以答失八都鲁与察罕贴木儿为代表的地方部队，最终成功顶替元朝正规军，成了镇压起义军的主力部队。
　　日期：2012-06-10 19:31:08
　　越来越多的元朝的地方部队随着实力的壮大而桀骜不训，慢慢成了割据一方的军阀，对坐镇大都遥控指挥的蒙古贵族统治阶级变得阳奉阴违起来。
　　对元朝中央政府而言，所有的军阀武装都是不太听使唤的“双刃剑”，在杀敌的同时也潜在刺伤自身的可能性。随着时间的推移，军阀们不但与起义军作战，自己之间也互相混战，甚至还与元朝正规军大动干戈。所有的一切都显示蒙古贵族“借刀杀人”的计划弄巧反拙。局势越发不可收拾，老百姓苦不堪言。
　　元军的内讧要从察罕贴木儿与孛罗贴木儿（这时答失八都鲁已死，由儿子孛罗贴木儿统率旧部）这两支劲旅发生摩擦说起。察罕贴木儿曾经在河南与山东多次战胜红巾军，并于1359年八月一举夺得龙凤政权的首都汴梁，军势如日中天。不料祸起萧墙，镇守山西大同的孛罗贴木儿竟然连自己人也不放过，他乘察罕贴木儿与起义军鏖战之机，挥师抢占察罕贴木儿在晋冀的地盘，公然挑起了内战。就这样，两支打着元朝旗号的军阀队伍在北方混战了几年，打得难解难分。元顺帝多次派人调停也于事无补。嚣张一时的孛罗贴木儿被后人列入《元史.逆臣传》之中，留下骂名。

　　形势瞬息万变。察罕贴木儿于1362年六月在山东与起义军作战时被人暗杀，其部属改由外甥王保保统领。王保保是一名百折不挠、具有钢铁般意志的人，后来以“奇男子”之名而享誉天下，他为舅父复仇，于同年十一月攻下益都，清除了所有的敌对势力，控制了山东，然后回师河南，与孛罗贴木儿继续在陕西等地交锋，两军旗鼓相当，难分胜负。

　　当时，地方上的军阀完全不把元朝中央政府放在眼内。而元政府本身也并非铁板一块，中枢机构内部的不同既得利益集团与军阀勾勾搭搭，未能置之度外，实际上已经分裂为两派，元顺帝及部分权贵在背后给孛罗贴木儿撑腰，而太子爱猷识理达腊及皇后奇氏则支持王保保。
　　太子在丞相搠思监的暗中扶持之下阴谋废掉元顺帝而自立，便找借口指责元顺帝的支持者孛罗贴木儿图谋不轨，并胁迫元顺帝下旨解除其兵权，削其官职。孛罗贴木儿不服气，亲自带着大队兵马来到大都讨个说法。大都的元朝嫡系部队无力阻止这支来势汹汹的生力军，只能靠边站。
　　日期：2012-06-11 09:16:49
　　孛罗贴木儿用武力驱逐了太子，促使元顺帝逮捕丞相搠思监等人，达到目的之后，才回师大同。
　　逃亡在外的太子征调王保保的军队攻打孛罗贴木儿时却意外受挫。孛罗贴木儿再次发兵进入大都，用武力干涉政治。已经对局势失去控制的元顺帝不得不任命这名飞扬跋扈的悍将为中书右丞相，总制天下兵马，付与其军政大权。
　　1365年三月，逃到大原的太子征调岭北、辽阳、陕西、甘肃四省军队配合王保保出兵讨伐大都，孛罗贴木儿兵败而死于内讧。王保保进京之后没有赶元顺帝下台，反而接受了元顺帝用高官厚禄的拉拢，欣然受命出任为丞相。
　　王保保的所作所为表明他只是一个不懂政治的军人，他亲近元顺帝的行为使觊觎帝位的太子心存怨恨，两人关系出现了裂缝。这就为新一轮尔虞我诈、错综复杂的政治斗争埋下了伏笔。

　　日期：2012-06-11 09:17:29
　　1365年十月，王保保以河南王、总制全国兵马的显赫身份奉旨出京南征群雄，但盘据关陕的李思齐却摆起老资格抗命不从。王保保大怒，转而引兵西向进攻关陕，与李思齐及背叛自己的旧部属貊高、关保等人打得如火如荼。
　　元顺帝本来就不太信任王保保，现在干脆以不听朝廷号令、拒绝停战为借口诏夺其统兵之权，而改任太子总制全国兵马。王保保兵权被削之后，驻军于泽州伺机而动，仍旧与李思齐、貊高、关保等人混战不休，北方局势益加糜烂，不可收拾。
　　所有这一切都表明，元朝这棵大树遭到四面八方的砍伐，即将轰然倒下，但它到底会成为那一位反元英雄的战利品，却还是未知数。
　　日期：2012-06-11 12:28:35
　　上都曾经被红巾军攻克，后来又失而复得。
　　不过，元朝的另一个首都大都的运气就没有这么好了，它是元朝失陷后再也未能恢复的第一个首都。