普京认为阿尔哈诺夫是理想的人选有几方面原因：一是因为他有比卡德罗夫还清白的历史，始终坚定地站在反对民族分裂的立场；二是觉察到他有比较坚实的社会基础，能够得到政、教及其他各界人士的拥护和支持；三是认为他长期在内务部工作，练就了应付突发事件、指挥强力部门的能力，而这点对于在现阶段担任车臣地方行政长官是非常重要的。

　　为了表明对阿尔哈诺夫的支持，普京在6月15日和8月22日两次单独会见了他，其中第二次会见是在黑海之滨的索契进行的。在这次会见中，普京出人意料地答应阿尔哈诺夫，将车臣石油出口所得用于车臣重建，这是连卡德罗夫都没有争取到的条件，可见普京对这位候选人寄予了多大的希望。在当天早些时候，普京还在车臣吊唁了卡德罗夫，人们注意到当时站在普京身边的人就是阿尔哈诺夫。

　　2004年8月29日，车臣在不到一年的时间里举行了第二次总统选举。据报道，全国当时共有58.7万登记选民。为了在12小时内能完成投票，在各地共设置了430个投票站。但由于恐怖分子在8月24日几乎在同一时间里制造了两起空难，许多居民害怕在投票时或者事后遭到袭击，纷纷离家出走，有的甚至逃到了与车臣相邻的印古什，所以参加选举的人数与登记选民数量有一定差距。据俄联邦安全局官员莫夫苏尔·哈米多夫讲，在投票那天，格罗兹尼“整座城市几乎都空了”。西方的几家通讯社在介绍这次选举时也都对格罗兹尼的萧条和冷清做了报道。

　　为了防止恐怖分子破坏选举，在投票当天，两万多联邦军队的士兵、车臣丨警丨察和内卫部队人员奉命对路口、车辆以及可疑行人进行检查，所有的投票站都加装了隔离网和金属探测器，附近还有牵着警犬的士兵走来走去，进行巡逻。
　　第二次总统选举在这样的气氛中结束了，除一名男子制造了一起自杀性爆炸外，整个过程还算顺利。8月30日，车臣选举委员会公布选举初步结果，与人们预料的一样，阿尔哈诺夫以70%多的得票率当选为车臣总统。从杜达耶夫造反开始算起，包括非法总统在内，这已经是车臣第六位总统了，他们分别是：杜达耶夫（1996年4月21日被俄特工导弹击中死亡）、扬达尔比耶夫（杜达耶夫政权的副总统，杜达耶夫被炸身亡后继任总统，后流亡国外，2004年2月13日，在卡塔尔因汽车丨炸丨弹爆炸身亡）、扎夫加耶夫（杜达耶夫被赶出格罗兹尼后，通过选举成为国家元首，第一次车臣战争失败后，被派往某国担任大使）、马斯哈多夫（联邦承认的民选总统，第二次车臣战争爆发后被赶下台，成为非法武装领导人，联邦检察院通缉的匪首。2005年3月8日被俄特种部队击毙。）、卡德罗夫（马斯哈多夫政权被推翻后的民选总统，2004年5月9日被炸身亡）、阿布拉诺夫（卡德罗夫遇难后成为代总统）。

　　从六个总统有四个被炸身亡或被击毙就能够看出，摆在阿尔哈诺夫面前的不会是一条平坦、笔直的大道。但是，在10月5日举行的总统就职仪式上，阿尔哈诺夫仍旧表示，他将努力实现社会团结，消除恐怖主义，保障公民安全，让人民过上正常生活。
　　当天，俄总统驻南方联邦区全权代表科扎尔，俄总统办公厅、联邦政府和议会代表以及俄一些地区领导人都来到格罗兹尼，出席就职仪式。科扎尔还宣读了普京总统给阿尔哈诺夫的贺词。
　　又一届政府成立了，它带给人们的应该是希望和安宁。
　　了之不了——恐怖与反恐的较量
　　2
　　以牙还牙——一批匪首走上断头台
　　恐怖袭击对俄罗斯的影响和损失是巨大的，对普京的强硬路线也构成了挑战。其实普京何尝不想早日从车臣这个泥潭里拔出脚来，致力于经济建设，更多地参与国际事务，重塑俄罗斯大国形象和地位。为此，他在正面战场已经取得了决定性胜利后，积极开辟第二战场，对非法武装头目展开了卓有成效的“斩首”行动。在这条战线上，普京把一个又一个匪首送上了断头台，使非法武装队伍辙乱旗靡，再也难以翻起大浪；使恐怖事件蔓延的势头得到了遏止；为反对车臣独立的力量解除了后顾之忧。这些行动包括：

　　1围歼巴拉耶夫
　　2001年6月25日，俄罗斯总统助理谢尔盖·雅斯特布任斯基向媒体宣布：车臣非法武装最强悍、最凶残的匪首之一——阿尔比·巴拉耶夫已经被俄军击毙。这是“车臣战争中，俄政府军取得的一个重大胜利”。当天，反政府武装开办的一家网站证实了上述说法。
　　消息传来，整个俄罗斯都为之一振，俄军将士备受鼓舞，车臣百姓也拍手称快。
　　阿尔比被击毙时年仅28岁，对他施行“斩首”获得成功所以能引起如此强烈反响，其原因是在非法武装中，他的地位和作用虽然只能排在第三、四号，但论其凶狠、狡诈和直接犯下的罪恶却罄竹难书。在有案可查的事件中，他亲手处死的对手、人质，以及他认为有必要杀害的人就多达170个，让车臣百姓在谈到他时不寒而栗。
　　1996年1月，巴拉耶夫指使手下在格罗兹尼将29名正在进行电力工程施工的工人劫为人质。同年，他策划并参与了袭击驻车臣阿尔罕—尤尔塔村俄军的事件，绑架了五名俄罗斯新闻记者。据落网的非法武装人员交代，1998年5月绑架联邦总统驻车臣全权代表瓦连金·弗拉索夫，1999年3月5日绑架并杀害皮什贡将军的大案，都是巴拉耶夫制造的。2000年12月，他又带领一部分非法武装分子袭击了阿尔罕—尤尔塔村，造成21人死亡。为了让车臣恐怖事件的影响传遍全球，1998年，巴拉耶夫在车臣境内绑架了三名英国人和一名新西兰人。在他提出的条件得到满足，获得了1000万美元赎金后，巴拉耶夫还是下令将这几个人斩首，并将其头颅扔在公路上。

　　阿尔比·巴拉耶夫家族许多成员都是非法武装骨干。十几年前，他们从车臣一个偏僻地区来到格罗兹尼，靠凶狠和狡诈先后控制了车臣境内的输油管道和一条主要公路。此后，他们通过走私石油积累了大量资金，购置了一批先进武器，建立了私人武装。到车臣战争爆发前，格罗兹尼的丨毒丨品、**、绑架等涉黑案件，几乎都与这个家族有直接关系。

　　在马斯哈多夫执政期间，从维护地方秩序的角度，曾经考虑过逮捕阿尔比，但是经过仔细掂量，马斯哈多夫还是觉得不惹他为好。据说当时巴拉耶夫与莫斯科的某些人有过默契，战争爆发后，他公开站到了民族分裂分子一边。
　　对于这样一个恐怖分子，莫斯科早就将其列入了“最想抓住的车臣匪首”名单，但由于此人狡诈多疑，几次都被他逃脱了。1999年，俄军曾经将他与另一个非法武装头目格拉耶夫包围起来。但就在俄军发动进攻前，巴拉耶夫买通向导，抛下格拉耶夫，带领200多人，沿着崎岖的山路，奇迹般地逃出了重重包围圈。
　　俄军对巴拉耶夫最后的攻击是从2001年6月19日开始的。隶属于联邦内务部的“勇士”特种部队参加了这次战斗。这天，他们将巴拉耶夫包围在车臣阿尔罕—卡拉地区一个叫叶尔莫洛夫卡的小村庄。俄军首先切断了非法武装对外联系和食品及饮用水的供应，使之成了瓮中之鳖，但巴拉耶夫及其手下拒不投降。第六天，当俄军确认敌人已经失去战斗力后，向非法武装分子的阵地发起攻击。在这次战斗中，俄军击毙了18名匪徒，打伤和俘虏40多人。巴拉耶夫在战斗中受了重伤，随后气绝身亡。他的手下把他拖到一个房间里，推倒了一垛砖墙将其盖上。但是，在清理战场时，俄军警犬发现了这具埋在砖墙下面的死尸。经专家及亲属辨认，这里埋葬的原来是在车臣显赫一时的巴拉耶夫。

　　2消灭哈塔卜和瓦立德
　　在车臣非法武装里，有一支自称为“国际支队”的队伍，其成员大都来自阿拉伯、高加索和北非一些国家，规模曾经达到过1500多人。这支队伍的骨干是自愿前来参加“圣战”的伊斯兰宗教极端分子，也有一些是以每月上千美元价格招募的雇佣军。这是一支非法武装里的“敢死队”，除了打起仗来有个不要命精神外，还以虐待、摧残俄军战俘及蹂躏被打死的俄军士兵尸体著称。所以，被媒体称之为“魔鬼支队”，一直是俄军重点清剿的目标。

　　这支队伍的指挥官就是车臣三大匪首之一的哈塔卜，此人的情况就像他的出生和死亡一样始终笼罩着神秘色彩，扑朔迷离。有人说他出生在沙特阿拉伯，还有人说他从小就在车臣长大，其中比较令人信服的说法是：阿塔卜原名为哈比卜·阿卜杜拉·拉赫曼，阿拉伯人，1968年出生于约旦。其父是约旦贝都因游牧部落的长老，为了使儿子能谋得一个锦绣前程，阿塔卜在很小的时候就被送到美国，而且在那里接受了启蒙教育。然而美国的“民主”生活不仅没有改变阿塔卜的人生观，还把他培养成了一个狂热的伊斯兰分子。他在美国最大的收获就是掌握了一口流利的英语，为他后来指挥来自各国的雇佣军创造了条件。