织田信长的家臣多为粗鲁的武将，而明智光秀虽也善战，但却是另一类人。他善和歌，常常与风雅之士举办连歌会（诗会），在茶道上也有深入的研究。明智光秀在建筑上也有所造诣，他在建筑坂本城之时别出心裁，将琵琶湖的活水引入城中，所以坂本城中水道纵横，别具一格。坂本城曾被从欧洲来日的宣教士路易斯?佛罗伊斯赞为“仅次于信长安土城的美城。”
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　　简而言之，明智光秀有审美眼光，擅风雅事物，待人接物恂恂有儒者之风。他的趣味与京都的公家甚为合拍，所以在京都颇有人脉，经常被织田信长委派上京交涉的工作。
　　织田信长脾气暴躁，治下严苛。但他对比自己年长6岁，经历坎坷的明智光秀评价极高，给予他的赏赐也很优厚。在明智光秀来到织田信长身边第2年时，光秀便与信长手下的宿将们享受同等待遇了。而且，明智光秀还是织田信长家臣团中第1个拥有一国一城的武将。元龟二年（1571年），也就是明智光秀成为织田信长家臣不满4年之时，便拥有了自己的城。而且，明智光秀在琵琶湖畔修建城池（坂本城）之时，信长又加赠1，000两黄金作为筑城费用。这充分显示出织田信长对明智光秀的爱重。

　　明智光秀在织田信长的指挥下，在高屋城之战、有冈城之战、信贵山城之战等合战中立下了一个又一个战功。织田信长对明智光秀的才能也极为认可，他光秀为统领细川藤孝、筒井顺庆等大名的总指挥。明智光秀的权力之大，已与关东管领不相上下。

　　本来君臣和乐的佳话似乎会一直持续下去，但是，在天正十年（1582年），也就是织田信长马上就要一统天下之时，突然发生了令人意料不到的转折。
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　　天正十年（1582年）5月15日，德川家康来到安土城拜望织田信长，明智光秀被任命为接待役，精心为家康准备了山珍海味。在主客把酒言欢的筵席中，突然有使者入内，禀报羽柴秀吉在攻打冈山高松城（现冈山县冈山市北区高松）时可能会被应援前来的毛利军夹击，请求主君信长给予支援。织田信长闻言大喜，直言统一天下的时机已到，随后令明智光秀速回坂本城整备军队，准备出兵援助羽柴秀吉。5月21日，织田信长对家臣正式下达了出征命令。为了激励家臣勇往直前，织田信长宣布收回以前赐予的土地城池，若对毛利之战胜利，会改将毛利所有的广袤土地赐给大家。织田信长的这一宣言对用全部心血精心经营滋贺的明智光秀是个不小的打击。5月28日，明智光秀从坂本城出发，前往阿多古神社（位于现京都府京都市右京区）参拜，祈望对毛利战大获全胜。虽然出征在即，明智光秀还在当天晚上邀请京都的公家友人们举办了最后一场连歌会。

　　5月29日，织田信长从安土城出发。当时织田信长身边的武将大多都已奔赴战场，信长只带了150军士，30名随从。6月1日，织田信长一行到达京都本能寺，当晚歇在寺内。6月1日晚10点左右，本已率兵出发的明智光秀将讨伐织田信长的想法告知身边的明智秀满等亲信，并表示现在是刺杀信长的唯一机会：织田信长现孤身在本能寺，防守较疏，一旦信长与其他武将汇合，就再也没有机会了。明智秀满等表示赞同，并刺血为盟。其后，明智光秀立即向大军传令“敌人现在本能寺中！”13，000名军士以为要前去剿灭德川家康，即可调转马头连夜行军，向本能寺方向前进。6月2日的天亮时分，明智光秀的大军已经将本能寺团团围住，火枪队一字排开，枪口对准本能寺，开始射击。

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　　织田信长身边只有不足200名侍卫，却被13，000大军围困，已知无幸。敌军不断将绑有燃烧物的箭镞射入寺内，寺内转眼间陷入火海。织田信长命人送走身边的女眷，后进入本能寺最深处的房间举刀自尽。此时，明智光秀所派遣的小分队已经攻入京都的二条御所，织田信长嫡子信忠也无奈自尽。
　　6月5日，明智光秀率军进入安土城，并向各位大名发出书信，辩明自己“无奈弑主”的缘由，并请求大名们的理解和支持。但是直到6月9日，各大名都沉默以对，明智光秀陷于了孤立无援的境地。细川藤孝本是明智光秀的旧交，藤孝之子细川忠兴又是明智光秀的女婿，但是细川家衡量了当时的情势，选择依附羽柴秀吉。细川藤孝剃发明志，表示对织田信长对哀悼之情，而细川忠兴又将与自己素来恩爱的妻子，光秀之女阿玉幽禁起来。除此之外，本来受过明智光秀大恩的筒井顺庆也对光秀不闻不问。6月11日，打着为主君报仇旗号的羽柴秀吉千里奔袭，其先遣队抵达京都南部。6月13日，羽柴秀吉率40，000大军进攻，而这时明智光秀手中的军队仅有16，000余人。下午4点，两军全面冲突，虽然人数悬殊，但因明智军士多精兵，悍不畏死，血肉横飞的激战直到晚7点方结束。明智光秀的大部力量战死，光秀携残军撤退，向坂本城方向行进。

　　6月13日晚上，天降暴雨。明智光秀与13名家臣行进到小栗栖（现京都府伏見区醍醐）时突然受到突袭。突袭者是专门在大战之后埋伏在战场附近，为获取贵重的铠甲和刀剑而袭击落单武将的农民中村长兵卫。明智光秀虽是身经百战的武将，但中村长兵卫藏身于竹林之中，加之四周漆黑一片，光秀一时不查，被突然刺出的长枪刺中，受了重伤。明智光秀知伤重不治，为免落于敌军之手，决心自裁。明智光秀举刀剖腹之后，身边家臣之一沟尾茂朝为其介错，有2名家臣随后自尽。

　　明智光秀享年54岁（一说55岁）。
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　　6月14日清晨，风停雨息，天气晴好。外出的村民在竹林周围发现3具尸体，尸体披挂着带有明智家纹的铠甲，但都没有头颅。村民在附近搜索，发现3个首级。之后，首级被火速送往羽柴秀吉军中，由秀吉加以检视。当时天气炎热，首级已经开始腐败。羽柴秀吉勉强辨认出光秀首级，并将首级挂在本能寺门前示众。
　　明智光秀因袭击了毫无防备的主君而备受谴责，被视为卑鄙小人。但是，他在自己领国里实行轻徭薄赋，很得民众爱戴。他善咏诗，精于茶道，但骑射颇精，也有领兵之才，堪称文武双全。他爱惜军士，还经常为了挽救敌方将士的性命而向织田信长求恳。他性格文静，有修养，与性格暴躁，刚愎自用的织田信长全然不同，但一直被信长重用，可见的确是人才。　
　　所谓士为知己者死。明智光秀深得织田信长爱重，为何宁愿承担“弑主”的恶名也要率兵袭击呢？明智光秀发动“本能寺之变”的真实理由已被埋入历史的尘埃中，我们不得而知。直到今日，日本的史学界也存在着不同观点，如“篡位说”、“复仇说”、“保皇说”、“替天行道说”等等。明智光秀作为颇有才华的人，他在起兵之时必然已经预知自己的行为可能遭致何种批判，所以，他做出这一决定的过程必然漫长而艰难。唯一可以解释他的行为的是：相较自己的名誉而言，他有着更为珍视的东西。