所谓的隐居，实际上就是幽闭，作为对佐佐的处分。
　　“官兵卫！”秀吉又唤过官兵卫：“你和长吉去一趟肥后，把事情给我调查清楚。”

　　官兵卫和浅野伏地领命。
　　“该杀就杀，该剥夺领地就剥夺领地，绝不能轻饶了这帮混蛋！”秀吉脸上的皱纹因为愤怒扭曲成了一团。
　　三个月后，官兵卫和浅野带回了调查结果。所有的证据都对佐佐很不利，终于，秀吉对佐佐动了杀念。
　　五月十四日，佐佐在隐居地尼崎被迫剖腹自尽。
　　可是，佐佐一死，又该由谁来接管肥后的这个烂摊子呢？
　　在军中和佐佐差不多资历的已经所剩无几，而且都有了自己的领地，所以只能将肥后交给年轻人。但问题是，连佐佐这样的老臣都难以对付的难治之国年轻人能否奈何得了呢？
　　秀吉为难了。
　　日期：2008-6-25　14:06:48

　　因为考虑到日后侵略朝鲜的需要，秀吉打算把熟悉朝鲜八道人文地理的小西行长封到肥后。但是，小西不擅作战，根本不足以镇压整个肥后。更何况，把这么大的一片土地全部交给小西，军中必定有人不满，所以只能交给小西半个肥后。
　　那么，另一半该交给谁呢？
　　秀吉甚至动了念头，打算把正则从伊予改易到肥后去。
　　“交给虎之助吧！那孩子准能行。”北政所替清正说话了。
　　“哎哟！”秀吉一惊，方才想起居然把清正给忘记了。

　　“你的眼里难道只有市松吗？”偏爱清正的北政所的语气里包含着不满情绪：“虎之助比市松更稳重，掌管肥后那地方不正合适吗？”
　　对于妻子的阅人之术，秀吉历来就非常推崇。许多年轻武将就是由他推荐给秀吉的，而事实也总是能够印证北政所的先见之明。
　　秀吉狼狈地笑了笑，很快就把清正召到了住所。
　　“虎之助，你今年也有二十七岁了吧？”
　　“是！”清正疑惑地望着秀吉，心里嘀咕道：莫不是替人向我提亲？

　　“去年市松做了大名，原本想提拔你，可没那么多的土地，现在北肥后和赞岐空出来了，你想要哪一个？”
　　赞岐在四国，和正则在今治的领地相邻，又靠着濑户内海，便于海上通商。自去年以来，因为正则清剿海盗得力，丰臣家在那一带已经深得人心，虽说地方比半个肥后还小，但至少不是一个烫手的山芋。虽然不久前，因为不满秀吉的检地措施，原领主尾藤知定叛乱，最后被正则带兵镇压，但民心还是比较稳固。
　　“让我去肥后吧！“清正坚定地表示。
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　　日期：2008-06-26　14:47:34

　　“虎之助，肥后可不是个好对付的地方哟！“尽管清正的回答让秀吉感到安慰，但出于对后辈的爱护，他还是忍不住多问了一句。
　　“前天听说主公想以肥后为大后方，为日后征讨朝鲜和明国做准备。我只想要肥后半国，来日还做征明的先锋。”清正言辞恳切，毫无矫揉造作之态。
　　秀吉的眼泪差点没感动得流出来。
　　“要是换了市松，恐怕连赞岐这种小地方都看不上，得闹着要更好的地方吧！”秀吉这样想道：“到底还是宁宁没看错人啊！”
　　作为激励，秀吉将尾藤知定遗留的战刀盔甲赐给清正。由于尾藤战刀上的桔梗家徽难以去除，所以清正将之作为秀吉的赏赐使用。所以，加藤家从此拥有两个家徽。

　　就这样，清正得到了北肥后二十五万石的领地，唯一令他不快的是，居然得和那个可鄙的药材商为邻了。
　　他说的是封到南肥后的小西行长。
　　伊予的正则听到这个消息，对家臣又发了好一通牢骚：“虎之助和我同一年开始侍奉主公，论战功，与我旗鼓相当，凭什么他的领地比我多出一倍？”
　　众家臣纷纷称是。
　　倒是丹波治重说了句公道话：“主计头的封地是个火药桶，哪里比得伊予这般太平悠闲？”
　　“嗯。”听完这话，正则的火气立马全消，沉默了片刻，才说道：“希望虎之助千万不要步陆奥的后尘啊！”
　　日期：2008-06-27　12:05:09
　　就在佐佐自杀后的第四天，清正和小西从大坂启程，赶赴肥后上任。随行的还有以浅野长政为首的上使众，他们奉命前往肥后强行检地。在经过难波时，清正在本妙寺拜祭了亡父，并将寺院迁往肥后，住持日真上人也一道前往。

　　半个月后，一行人等到达了肥后，清正和小西各自进驻封地。
　　清正进入隈本城，很快就接收了已经成为浪人的原佐佐家臣。这样一来，清正的家臣剧增到了四千余人。
　　尽管肥后的国人众已经不再公开活动，但暗中偷袭破坏的行为却时有发生。这种阳奉阴违令直性子的清正大为光火，针对国人众的新一轮清剿也以加藤军为中心展开。
　　在立花,黑田，小早川各部的配合下，清正和小西的清剿行动取得了成功。五十二家国人中的四十八家的家主被杀，在肥后一揆中战死的肥后人多达五千七百人。各地的街头巷尾都响起了死者家属和幸存叛乱者的哭泣声和咒骂声。
　　清正立刻在领内到处张贴安民告示，并派兵在夜间巡逻，严密关注一切公开的或是暗中的敌对活动。
　　但清正心里很清楚，仅仅镇压却不抚恤民众肯定难以维持统治，仅仅破坏而不懂得建设必将把肥后引入新一轮的动乱当中。

　　不久，北肥后人几乎每天都可以看到这位新领主在领内各处巡视。遇见本地农民时，语气温和，神情和蔼，似乎和先前的刽子手形象相去甚远。
　　为了安定人心，激发肥后人的亲近感，清正娶了当地的名门望族菊池家的一位小姐做侧室，也就是后来早夭的次子忠正的生母。
　　“初来乍到，一时心血来潮罢了，看吧！不用多久就会现原形的。”有些肥后人对此是不屑一顾。
　　但很快，清正就用自己的实际行动赢得了肥后人的尊重和信任。
　　日期：2008-06-29　14:52:20
　　北肥后有一条大河，名叫菊池川。菊池川之于肥后，恐怕不亚于尼罗河之于埃及。尽管肥后的农田都仰赖这条河的灌溉，但在流入有明海的入海口附近却因为河水泛滥变成了一片泽国。一到夏季，河泥淤积于此，从而形成水灾。菊池川长年为患，但从镰仓时代起就没有人能够治理。

　　清正很快组织起武士和足轻，运送土石，开始在菊池川上游筑堤，并从府库中拨出资金，雇佣民夫清理淤塞的河道。此外，还在河道两侧筑造了护波堤。
　　治理菊池川事关所有肥后人的切身利益，所以并没有人认为参与其中就是向丰臣家低头屈服的表现。再加上有酬劳，劳动力问题很快得到了解决。
　　仅仅三个月后，菊池川的初期治水工程顺利完工，不但控制住了水患，以前的一片泽国也变成了肥沃的土地。清正在这些土地上开垦了大片良田，供给肥后人耕种。
　　清正刚到肥后时，肥后人还在恶狠狠地嚷嚷着要杀死“加藤恶贼”，可仅仅三个月，固执且桀骜不驯的肥后人就认可了清正。
　　局面好转，令加藤家上下都松了口气。清正的亲信饭田角兵卫提议把因几经战火而有些残破的隈本城翻修扩建一番。
　　“隈本城实在太过寒酸了。”新收的家臣斋藤主水也这么说。

　　日期：2008-06-30　16:42:54
　　这个主水是明智光秀家臣斋藤利三的长子，名叫平四郎。明智家灭亡后就投奔了柴田家，后来又投奔越中的佐佐家，佐佐死后就成为了清正的家臣。
　　清正看了看隈本城，也笑了起来：“是寒酸了些，可住着也挺好啊！”
　　亲信森本仪太夫却是另一重考虑。
　　“城堡用不着多好看，但至少得坚固，所以翻修一下还是很有必要的。”